pcvolkmer/bzkf-rwdp-check
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feat: enable messages with 'histologie_zytologie' using optional flag

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Paul-Christian Volkmer 2024-05-22 16:09:45 +02:00
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21
README.md
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@ -22,7 +22,8 @@ flowchart LR
Die Anwendung gibt für die möglichen Quellen der Kennzahlen die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10 Gruppen,
aus.
Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder MySQL.
Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder
MySQL.
![Ausgabe](docs/screenshot.png)
@ -39,8 +40,8 @@ Die Anwendung gibt nun eine Liste der ICD-10-Gruppen mit Anzahl der _Conditions_
## Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank
Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der Onkostar-Datenbank
abgerufen werden.
Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der
Onkostar-Datenbank abgerufen werden.
```
bzkf-rwdp-check database --user me --year 2024
@ -64,9 +65,12 @@ Der zusätzliche Parameter `--ignore-exports-since` ist optional.
Wird er angegeben, werden keine Einträge mit Exportdatum ab diesem Datum verwendet.
Dies eignet sich um nachträglich Zahlen zu einem bestimmten Datum zu ermitteln.
Der Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
Der optionale Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
Diese sind normalerweise nicht enthalten.
Der optionale Parameter `--include-histo-zyto` schließt Meldungen mit Meldeanlass `histologhie_zytologie` ein.
Diese sind normalerweise ebenfalls nicht enthalten.
## Export aus der Onkostar-Datenbank
Die Anwendung ist in der Lage, mit dem Befehl `export` die Spalten
@ -78,8 +82,9 @@ Die Anwendung ist in der Lage, mit dem Befehl `export` die Spalten
in eine CSV-Datei zum Abgleich mit der OPAL-CSV-Datei zu exportieren.
Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank),
zusätzlich gibt es noch die folgenden Parameter:
Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie
unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank), zusätzlich gibt es noch die
folgenden Parameter:
```
Options:
@ -92,5 +97,5 @@ Options:
Die Anwendung kann auch die Conditions in der CSV-Datei mit der Onkostar-Datenbank direkt vergleichen.
Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die Option `--file`
für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus.
Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die
Option `--file` für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus.

15
src/cli.rs
View File

@ -63,6 +63,11 @@ pub enum SubCommand {
ignore_exports_since: Option<String>,
#[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
include_extern: bool,
#[arg(
long,
help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
)]
include_histo_zyto: bool,
},
#[command(
about = "Erstellt eine (reduzierte) CSV-Datei zum direkten Vergleich mit der OPAL-CSV-Datei"
@ -99,6 +104,11 @@ pub enum SubCommand {
xls_csv: bool,
#[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
include_extern: bool,
#[arg(
long,
help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
)]
include_histo_zyto: bool,
},
#[command(about = "Abgleich zwischen CSV-Datei für OPAL und Onkostar-Datenbank")]
Compare {
@ -131,6 +141,11 @@ pub enum SubCommand {
ignore_exports_since: Option<String>,
#[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
include_extern: bool,
#[arg(
long,
help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
)]
include_histo_zyto: bool,
},
}

16
src/database.rs
View File

@ -40,13 +40,19 @@ impl DatabaseSource {
year: &str,
ignore_exports_since: &str,
include_extern: bool,
include_histo_zyto: bool,
) -> Result<Vec<Icd10GroupSize>, ()> {
match Pool::new(self.0.as_str()) {
Ok(pool) => {
if let Ok(mut connection) = pool.try_get_conn(Duration::from_secs(3)) {
return match connection.exec_map(
SQL_QUERY,
params! {"year" => year, "ignore_exports_since" => ignore_exports_since, "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 } },
params! {
"year" => year,
"ignore_exports_since" => ignore_exports_since,
"include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 },
"include_histo_zyto" => if include_histo_zyto { 1 } else { 0 }
},
|(icd10_group, count)| Icd10GroupSize {
name: icd10_group,
size: count,
@ -71,13 +77,19 @@ impl DatabaseSource {
ignore_exports_since: &str,
use_pat_id: bool,
include_extern: bool,
include_histo_zyto: bool,
) -> Result<Vec<ExportData>, ()> {
match Pool::new(self.0.as_str()) {
Ok(pool) => {
if let Ok(mut connection) = pool.try_get_conn(Duration::from_secs(3)) {
return match connection.exec_map(
EXPORT_QUERY,
params! {"year" => year, "ignore_exports_since" => ignore_exports_since, "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 } },
params! {
"year" => year,
"ignore_exports_since" => ignore_exports_since,
"include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 },
"include_histo_zyto" => if include_histo_zyto { 1 } else { 0 }
},
|(condition_id, icd_10_code, diagnosis_date, pat_id)| ExportData {
condition_id,
icd_10_code,

6
src/main.rs
View File

@ -120,6 +120,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
year,
ignore_exports_since,
include_extern,
include_histo_zyto,
} => {
let password = request_password_if_none(password);
let year = sanitize_year(year);
@ -136,6 +137,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
&year,
&ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
include_extern,
include_histo_zyto,
)
.map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
@ -156,6 +158,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
ignore_exports_since,
xls_csv,
include_extern,
include_histo_zyto,
} => {
let password = request_password_if_none(password);
let year = sanitize_year(year);
@ -173,6 +176,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
&ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
pat_id,
include_extern,
include_histo_zyto,
)
.map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
@ -215,6 +219,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
year,
ignore_exports_since,
include_extern,
include_histo_zyto,
} => {
let password = request_password_if_none(password);
let year = sanitize_year(year);
@ -232,6 +237,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
&ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
pat_id,
include_extern,
include_histo_zyto,
)
.map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;

2
src/resources/export.sql
View File

@ -37,7 +37,7 @@ FROM (
WHERE lm.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
AND (lm.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%')
AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%' OR 1 = :include_histo_zyto)
) o1
LEFT OUTER JOIN (

2
src/resources/query.sql
View File

@ -122,7 +122,7 @@ FROM (
WHERE lme.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
AND (lm.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%')
AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%' OR 1 = :include_histo_zyto)
) o1
LEFT OUTER JOIN (