pcvolkmer/mv64e-etl-processor
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docs: update README.md and add current changes (#137)

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Paul-Christian Volkmer
2025-08-21 15:51:36 +02:00
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README.md
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@@ -1,12 +1,13 @@
# ETL-Processor for DNPM:DIP [![Run Tests](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml/badge.svg)](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml) # ETL-Processor für das MV gem. §64e und DNPM:DIP
[![Run Tests](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml/badge.svg)](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml)
Diese Anwendung versendet ein MTB-File im DNPM-Datenmodell 2.1 an DNPM:DIP und pseudonymisiert Diese Anwendung pseudonymisiert/anonymisiert Daten im DNPM-Datenmodell 2.1 für das Modellvorhaben
die Patienten-ID. Genomsequenzierung nach §64e unter Beachtung des Consents und sendet sie an DNPM:DIP.
## Einordnung innerhalb einer DNPM-ETL-Strecke ## Einordnung innerhalb einer DNPM-ETL-Strecke
Diese Anwendung erlaubt das Entgegennehmen von HTTP/REST-Anfragen aus dem Onkostar-Plugin * Diese Anwendung erlaubt das Entgegennehmen von HTTP/REST-Anfragen aus dem Onkostar-Plugin
*[onkostar-plugin-dnpmexport](https://github.com/CCC-MF/onkostar-plugin-dnpmexport)**. **[mv64e-onkostar-plugin-export](https://github.com/pcvolkmer/mv64e-onkostar-plugin-export)**.
Der Inhalt einer Anfrage, wenn ein MTB-File, wird pseudonymisiert und auf Duplikate geprüft. Der Inhalt einer Anfrage, wenn ein MTB-File, wird pseudonymisiert und auf Duplikate geprüft.
Duplikate werden verworfen, Änderungen werden weitergeleitet. Duplikate werden verworfen, Änderungen werden weitergeleitet.
@@ -17,6 +18,14 @@ Zudem ist eine minimalistische Weboberfläche integriert, die einen Einblick in
![Modell DNPM-ETL-Strecke](docs/etl.png) ![Modell DNPM-ETL-Strecke](docs/etl.png)
### 🔥 Wichtige Änderungen in Version 0.11
Ab Version 0.11 wird ausschließlich [DNPM:DIP](https://github.com/dnpm-dip) unterstützt.
Zudem wurde der Name des Pakets in **mv64e-etl-processor** geändert.
## Funktionsweise
### Duplikaterkennung ### Duplikaterkennung
Die Erkennung von Duplikaten ist normalerweise immer aktiv, kann jedoch über den Die Erkennung von Duplikaten ist normalerweise immer aktiv, kann jedoch über den
@@ -72,10 +81,6 @@ Siehe hierzu auch: https://github.com/CCC-MF/kafka-to-bwhc
## Konfiguration ## Konfiguration
### 🔥 Wichtige Änderungen in Version 0.11
Ab Version 0.11 wird ausschließlich [DNPM:DIP](https://github.com/dnpm-dip) unterstützt.
### Pseudonymisierung der Patienten-ID ### Pseudonymisierung der Patienten-ID
Wenn eine URI zu einer gPAS-Instanz (Version >= 2023.1.0) angegeben ist, wird diese verwendet. Wenn eine URI zu einer gPAS-Instanz (Version >= 2023.1.0) angegeben ist, wird diese verwendet.

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build.gradle.kts
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@@ -154,7 +154,7 @@ tasks.jacocoTestReport {
} }
tasks.named<BootBuildImage>("bootBuildImage") { tasks.named<BootBuildImage>("bootBuildImage") {
imageName.set("ghcr.io/pcvolkmer/etl-processor") imageName.set("ghcr.io/pcvolkmer/mv64e-etl-processor")
// Binding for CA Certs // Binding for CA Certs
bindings.set(listOf( bindings.set(listOf(
@@ -164,8 +164,8 @@ tasks.named<BootBuildImage>("bootBuildImage") {
environment.set(environment.get() + mapOf( environment.set(environment.get() + mapOf(
// Enable this line to embed CA Certs into image on build time // Enable this line to embed CA Certs into image on build time
//"BP_EMBED_CERTS" to "true", //"BP_EMBED_CERTS" to "true",
"BP_OCI_SOURCE" to "https://github.com/pcvolkmer/etl-processor", "BP_OCI_SOURCE" to "https://github.com/pcvolkmer/mv64e-etl-processor",
"BP_OCI_LICENSES" to "AGPLv3", "BP_OCI_LICENSES" to "AGPLv3",
"BP_OCI_DESCRIPTION" to "ETL Processor for bwHC MTB files" "BP_OCI_DESCRIPTION" to "ETL Processor for MV § 64e and DNPM:DIP"
)) ))
} }

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settings.gradle.kts
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@@ -1 +1 @@
rootProject.name = "etl-processor" rootProject.name = "mv64e-etl-processor"