pcvolkmer/mv64e-etl-processor
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/pcvolkmer/mv64e-etl-processor synced 2025-09-13 01:02:50 +00:00
Code Issues Releases Activity

docs: update README.md and add current changes (#137)

Browse Source
This commit is contained in:
Paul-Christian Volkmer
2025-08-21 15:51:36 +02:00
committed by GitHub
parent 3b66f42eb2
commit eed0972018
3 changed files with 18 additions and 13 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

23
README.md
View File

@@ -1,12 +1,13 @@
# ETL-Processor for DNPM:DIP [![Run Tests](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml/badge.svg)](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml)
# ETL-Processor für das MV gem. §64e und DNPM:DIP
[![Run Tests](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml/badge.svg)](https://github.com/pcvolkmer/etl-processor/actions/workflows/test.yml)
Diese Anwendung versendet ein MTB-File im DNPM-Datenmodell 2.1 an DNPM:DIP und pseudonymisiert
die Patienten-ID.
Diese Anwendung pseudonymisiert/anonymisiert Daten im DNPM-Datenmodell 2.1 für das Modellvorhaben
Genomsequenzierung nach §64e unter Beachtung des Consents und sendet sie an DNPM:DIP.
## Einordnung innerhalb einer DNPM-ETL-Strecke
Diese Anwendung erlaubt das Entgegennehmen von HTTP/REST-Anfragen aus dem Onkostar-Plugin *
*[onkostar-plugin-dnpmexport](https://github.com/CCC-MF/onkostar-plugin-dnpmexport)**.
Diese Anwendung erlaubt das Entgegennehmen von HTTP/REST-Anfragen aus dem Onkostar-Plugin
**[mv64e-onkostar-plugin-export](https://github.com/pcvolkmer/mv64e-onkostar-plugin-export)**.
Der Inhalt einer Anfrage, wenn ein MTB-File, wird pseudonymisiert und auf Duplikate geprüft.
Duplikate werden verworfen, Änderungen werden weitergeleitet.
@@ -17,6 +18,14 @@ Zudem ist eine minimalistische Weboberfläche integriert, die einen Einblick in
![Modell DNPM-ETL-Strecke](docs/etl.png)
### 🔥 Wichtige Änderungen in Version 0.11
Ab Version 0.11 wird ausschließlich [DNPM:DIP](https://github.com/dnpm-dip) unterstützt.
Zudem wurde der Name des Pakets in **mv64e-etl-processor** geändert.
## Funktionsweise
### Duplikaterkennung
Die Erkennung von Duplikaten ist normalerweise immer aktiv, kann jedoch über den
@@ -72,10 +81,6 @@ Siehe hierzu auch: https://github.com/CCC-MF/kafka-to-bwhc
## Konfiguration
### 🔥 Wichtige Änderungen in Version 0.11
Ab Version 0.11 wird ausschließlich [DNPM:DIP](https://github.com/dnpm-dip) unterstützt.
### Pseudonymisierung der Patienten-ID
Wenn eine URI zu einer gPAS-Instanz (Version >= 2023.1.0) angegeben ist, wird diese verwendet.

6
build.gradle.kts
View File

@@ -154,7 +154,7 @@ tasks.jacocoTestReport {
}
tasks.named<BootBuildImage>("bootBuildImage") {
imageName.set("ghcr.io/pcvolkmer/etl-processor")
imageName.set("ghcr.io/pcvolkmer/mv64e-etl-processor")
// Binding for CA Certs
bindings.set(listOf(
@@ -164,8 +164,8 @@ tasks.named<BootBuildImage>("bootBuildImage") {
environment.set(environment.get() + mapOf(
// Enable this line to embed CA Certs into image on build time
//"BP_EMBED_CERTS" to "true",
"BP_OCI_SOURCE" to "https://github.com/pcvolkmer/etl-processor",
"BP_OCI_SOURCE" to "https://github.com/pcvolkmer/mv64e-etl-processor",
"BP_OCI_LICENSES" to "AGPLv3",
"BP_OCI_DESCRIPTION" to "ETL Processor for bwHC MTB files"
"BP_OCI_DESCRIPTION" to "ETL Processor for MV § 64e and DNPM:DIP"
))
}

2
settings.gradle.kts
View File

@@ -1 +1 @@
rootProject.name = "etl-processor"
rootProject.name = "mv64e-etl-processor"