diff --git a/README.md b/README.md index f484dc6..1f13de5 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -50,8 +50,8 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString( | Histologie-Berichte | ⌛ | Aktuell in Arbeit | | IHC-Berichte | | | | MSI-Befunde | | | -| NGS-Berichte | ⌛ | Aktuell in Arbeit | -| MTB-Beschlüsse | ✅ | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (2) | +| NGS-Berichte | ⛅ | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (2) | +| MTB-Beschlüsse | ✅ | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (3) | | Follow-Up Verlauf | | | | Antrag Kostenübernahme | | | | Antwort Kostenübernahme | | | @@ -61,7 +61,9 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString( ### Hinweise 1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in `OS.Molekulargenetik` vorhanden. -2. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste. +2. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular `OS.Molekulargenetik` wie gefordert angebbar. + Hinweis: Tumorzellgehalt-Methode problematisch, wenn auch im NGS-Bericht histologisch festgestellt. +3. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste. ## Enthaltene Liste mit Genen diff --git a/src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/KpaMolekulargenetikDataMapper.java b/src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/KpaMolekulargenetikDataMapper.java index 1751706..3f2bf05 100644 --- a/src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/KpaMolekulargenetikDataMapper.java +++ b/src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/KpaMolekulargenetikDataMapper.java @@ -22,6 +22,7 @@ package dev.pcvolkmer.onco.datamapper.mapper; import dev.pcvolkmer.mv64e.mtb.*; import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.PropertyCatalogue; +import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.ResultSet; import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.*; import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.genes.GeneUtils; @@ -67,7 +68,10 @@ public class KpaMolekulargenetikDataMapper implements DataMapper OTHER + .type(getNgsReportCoding(data.getString("artdersequenzierung"))) + .metadata(List.of(getNgsReportMetadata(data.getString("artdersequenzierung")))) + .results(this.getNgsReportResults(data)) ; return builder.build(); @@ -87,10 +91,24 @@ public class KpaMolekulargenetikDataMapper implements DataMapper Einfache Variante @@ -163,4 +181,45 @@ public class KpaMolekulargenetikDataMapper implements DataMapper