mirror of
https://github.com/pcvolkmer/bzkf-rwdp-check.git
synced 2025-07-01 07:42:55 +00:00
Compare commits
10 Commits
Author | SHA1 | Date | |
---|---|---|---|
4c8c6295e0 | |||
9f5188ce5d | |||
af44351f09 | |||
02497cd007 | |||
9d7e511725 | |||
e4c3e61f35 | |||
38f9fe3628 | |||
ab15e5c9ff | |||
8ec24efc96 | |||
180d808dd4 |
@ -1,6 +1,6 @@
|
||||
[package]
|
||||
name = "bzkf-rwdp-check"
|
||||
version = "0.3.0"
|
||||
version = "0.3.3"
|
||||
edition = "2021"
|
||||
authors = ["Paul-Christian Volkmer <volkmer_p@ukw.de>"]
|
||||
description = "Anwendung zur Durchführung einer Plausibilitätsprüfung anhand der Daten für die BZKF Real World Data Platform."
|
||||
@ -11,7 +11,7 @@ clap = { version = "4.5", features = ["std", "help", "usage", "derive", "error-c
|
||||
console = "0.15"
|
||||
csv = "1.3"
|
||||
dialoguer = "0.11"
|
||||
itertools = "0.12"
|
||||
itertools = "0.13"
|
||||
mysql = "25.0"
|
||||
serde = { version = "1.0", features = ["derive"] }
|
||||
urlencoding = "2.1"
|
||||
|
23
README.md
23
README.md
@ -22,7 +22,8 @@ flowchart LR
|
||||
Die Anwendung gibt für die möglichen Quellen der Kennzahlen die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10 Gruppen,
|
||||
aus.
|
||||
|
||||
Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder MySQL.
|
||||
Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder
|
||||
MySQL.
|
||||
|
||||

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||||
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@ -39,8 +40,8 @@ Die Anwendung gibt nun eine Liste der ICD-10-Gruppen mit Anzahl der _Conditions_
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||||
## Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank
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||||
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||||
Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der Onkostar-Datenbank
|
||||
abgerufen werden.
|
||||
Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der
|
||||
Onkostar-Datenbank abgerufen werden.
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||||
|
||||
```
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||||
bzkf-rwdp-check database --user me --year 2024
|
||||
@ -64,8 +65,11 @@ Der zusätzliche Parameter `--ignore-exports-since` ist optional.
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||||
Wird er angegeben, werden keine Einträge mit Exportdatum ab diesem Datum verwendet.
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||||
Dies eignet sich um nachträglich Zahlen zu einem bestimmten Datum zu ermitteln.
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||||
Der Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
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||||
Diese sind normalerweise nicht enthalten.
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||||
Der optionale Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
|
||||
Diese sind normalerweise nicht enthalten.
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||||
|
||||
Der optionale Parameter `--include-histo-zyto` schließt Meldungen mit Meldeanlass `histologhie_zytologie` ein.
|
||||
Diese sind normalerweise ebenfalls nicht enthalten.
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||||
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||||
## Export aus der Onkostar-Datenbank
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||||
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||||
@ -78,8 +82,9 @@ Die Anwendung ist in der Lage, mit dem Befehl `export` die Spalten
|
||||
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||||
in eine CSV-Datei zum Abgleich mit der OPAL-CSV-Datei zu exportieren.
|
||||
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||||
Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank),
|
||||
zusätzlich gibt es noch die folgenden Parameter:
|
||||
Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie
|
||||
unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank), zusätzlich gibt es noch die
|
||||
folgenden Parameter:
|
||||
|
||||
```
|
||||
Options:
|
||||
@ -92,5 +97,5 @@ Options:
|
||||
|
||||
Die Anwendung kann auch die Conditions in der CSV-Datei mit der Onkostar-Datenbank direkt vergleichen.
|
||||
|
||||
Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die Option `--file`
|
||||
für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus.
|
||||
Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die
|
||||
Option `--file` für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus.
|
22
src/cli.rs
22
src/cli.rs
@ -20,6 +20,7 @@
|
||||
|
||||
use clap::{Parser, Subcommand};
|
||||
use regex::Regex;
|
||||
use std::path::PathBuf;
|
||||
|
||||
#[derive(Parser)]
|
||||
#[command(author, version, about)]
|
||||
@ -34,7 +35,7 @@ pub enum SubCommand {
|
||||
#[command(about = "Ermittelt die Prüfwerte aus einem CSV-File für OPAL")]
|
||||
OpalFile {
|
||||
#[arg(short, long, help = "CSV-File für Opal")]
|
||||
file: String,
|
||||
file: PathBuf,
|
||||
},
|
||||
#[command(about = "Ermittelt die Prüfwerte aus der Onkostar-Datenbank")]
|
||||
Database {
|
||||
@ -63,6 +64,11 @@ pub enum SubCommand {
|
||||
ignore_exports_since: Option<String>,
|
||||
#[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
|
||||
include_extern: bool,
|
||||
#[arg(
|
||||
long,
|
||||
help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
|
||||
)]
|
||||
include_histo_zyto: bool,
|
||||
},
|
||||
#[command(
|
||||
about = "Erstellt eine (reduzierte) CSV-Datei zum direkten Vergleich mit der OPAL-CSV-Datei"
|
||||
@ -90,7 +96,7 @@ pub enum SubCommand {
|
||||
#[arg(short = 'u', long, help = "Benutzername")]
|
||||
user: String,
|
||||
#[arg(short = 'o', long, help = "Ausgabedatei")]
|
||||
output: String,
|
||||
output: PathBuf,
|
||||
#[arg(short = 'y', long, help = "Jahr der Diagnose")]
|
||||
year: String,
|
||||
#[arg(long, value_parser = value_is_date, help = "Ignoriere LKR-Exporte seit Datum")]
|
||||
@ -99,6 +105,11 @@ pub enum SubCommand {
|
||||
xls_csv: bool,
|
||||
#[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
|
||||
include_extern: bool,
|
||||
#[arg(
|
||||
long,
|
||||
help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
|
||||
)]
|
||||
include_histo_zyto: bool,
|
||||
},
|
||||
#[command(about = "Abgleich zwischen CSV-Datei für OPAL und Onkostar-Datenbank")]
|
||||
Compare {
|
||||
@ -124,13 +135,18 @@ pub enum SubCommand {
|
||||
#[arg(short = 'u', long, help = "Benutzername")]
|
||||
user: String,
|
||||
#[arg(short, long, help = "CSV-File für Opal")]
|
||||
file: String,
|
||||
file: PathBuf,
|
||||
#[arg(short = 'y', long, help = "Jahr der Diagnose")]
|
||||
year: String,
|
||||
#[arg(long, value_parser = value_is_date, help = "Ignoriere LKR-Exporte seit Datum")]
|
||||
ignore_exports_since: Option<String>,
|
||||
#[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
|
||||
include_extern: bool,
|
||||
#[arg(
|
||||
long,
|
||||
help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
|
||||
)]
|
||||
include_histo_zyto: bool,
|
||||
},
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
@ -63,7 +63,7 @@ impl Check {
|
||||
icd10_code: Self::map_icd_code(&record.icd10_code),
|
||||
})
|
||||
.sorted_by_key(|record| record.icd10_code.to_string())
|
||||
.group_by(|record| record.icd10_code.to_string())
|
||||
.chunk_by(|record| record.icd10_code.to_string())
|
||||
.into_iter()
|
||||
.map(|(icd10, group)| (icd10, group.collect::<Vec<_>>()))
|
||||
.map(|record| Icd10GroupSize {
|
||||
|
@ -18,9 +18,10 @@
|
||||
* 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
|
||||
*/
|
||||
|
||||
use std::time::Duration;
|
||||
|
||||
use mysql::prelude::Queryable;
|
||||
use mysql::{params, Pool};
|
||||
use std::time::Duration;
|
||||
|
||||
use crate::common::{ExportData, Icd10GroupSize};
|
||||
use crate::resources::{EXPORT_QUERY, SQL_QUERY};
|
||||
@ -39,13 +40,19 @@ impl DatabaseSource {
|
||||
year: &str,
|
||||
ignore_exports_since: &str,
|
||||
include_extern: bool,
|
||||
include_histo_zyto: bool,
|
||||
) -> Result<Vec<Icd10GroupSize>, ()> {
|
||||
match Pool::new(self.0.as_str()) {
|
||||
Ok(pool) => {
|
||||
if let Ok(mut connection) = pool.try_get_conn(Duration::from_secs(3)) {
|
||||
return match connection.exec_map(
|
||||
SQL_QUERY,
|
||||
params! {"year" => year, "ignore_exports_since" => ignore_exports_since, "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 } },
|
||||
params! {
|
||||
"year" => year,
|
||||
"ignore_exports_since" => ignore_exports_since,
|
||||
"include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 },
|
||||
"include_histo_zyto" => if include_histo_zyto { 1 } else { 0 }
|
||||
},
|
||||
|(icd10_group, count)| Icd10GroupSize {
|
||||
name: icd10_group,
|
||||
size: count,
|
||||
@ -70,13 +77,19 @@ impl DatabaseSource {
|
||||
ignore_exports_since: &str,
|
||||
use_pat_id: bool,
|
||||
include_extern: bool,
|
||||
include_histo_zyto: bool,
|
||||
) -> Result<Vec<ExportData>, ()> {
|
||||
match Pool::new(self.0.as_str()) {
|
||||
Ok(pool) => {
|
||||
if let Ok(mut connection) = pool.try_get_conn(Duration::from_secs(3)) {
|
||||
return match connection.exec_map(
|
||||
EXPORT_QUERY,
|
||||
params! {"year" => year, "ignore_exports_since" => ignore_exports_since, "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 } },
|
||||
params! {
|
||||
"year" => year,
|
||||
"ignore_exports_since" => ignore_exports_since,
|
||||
"include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 },
|
||||
"include_histo_zyto" => if include_histo_zyto { 1 } else { 0 }
|
||||
},
|
||||
|(condition_id, icd_10_code, diagnosis_date, pat_id)| ExportData {
|
||||
condition_id,
|
||||
icd_10_code,
|
||||
|
38
src/main.rs
38
src/main.rs
@ -19,7 +19,6 @@
|
||||
*/
|
||||
|
||||
use std::error::Error;
|
||||
use std::path::Path;
|
||||
|
||||
use clap::Parser;
|
||||
use console::{style, Term};
|
||||
@ -88,10 +87,17 @@ fn print_items(items: &[Icd10GroupSize]) {
|
||||
}
|
||||
|
||||
fn print_extern_notice(include_extern: bool) {
|
||||
let _ = Term::stdout().write_line(format!("{} Die Datenbankanfrage schließt Meldungen mit externer Diagnose {}.", style("Hinweis:").bold().underlined(), match include_extern {
|
||||
true => style("ein").yellow(),
|
||||
false => style("nicht ein (Standard)").green()
|
||||
}).as_str());
|
||||
let _ = Term::stdout().write_line(
|
||||
format!(
|
||||
"{} Die Datenbankanfrage schließt Meldungen mit externer Diagnose {}.",
|
||||
style("Hinweis:").bold().underlined(),
|
||||
match include_extern {
|
||||
true => style("ein").yellow(),
|
||||
false => style("nicht ein (Standard)").green(),
|
||||
}
|
||||
)
|
||||
.as_str(),
|
||||
);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
@ -99,8 +105,8 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
|
||||
match Cli::parse().cmd {
|
||||
SubCommand::OpalFile { file } => {
|
||||
let items = opal::OpalCsvFile::check(Path::new(&file))
|
||||
.map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
|
||||
let items =
|
||||
opal::OpalCsvFile::check(file.as_path()).map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
|
||||
|
||||
print_items(&items);
|
||||
}
|
||||
@ -113,6 +119,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
year,
|
||||
ignore_exports_since,
|
||||
include_extern,
|
||||
include_histo_zyto,
|
||||
} => {
|
||||
let password = request_password_if_none(password);
|
||||
let year = sanitize_year(year);
|
||||
@ -129,6 +136,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
&year,
|
||||
&ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
|
||||
include_extern,
|
||||
include_histo_zyto,
|
||||
)
|
||||
.map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
|
||||
|
||||
@ -149,6 +157,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
ignore_exports_since,
|
||||
xls_csv,
|
||||
include_extern,
|
||||
include_histo_zyto,
|
||||
} => {
|
||||
let password = request_password_if_none(password);
|
||||
let year = sanitize_year(year);
|
||||
@ -166,6 +175,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
&ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
|
||||
pat_id,
|
||||
include_extern,
|
||||
include_histo_zyto,
|
||||
)
|
||||
.map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
|
||||
|
||||
@ -177,7 +187,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
writer_builder = writer_builder.delimiter(b';');
|
||||
}
|
||||
let mut writer = writer_builder
|
||||
.from_path(Path::new(&output))
|
||||
.from_path(output.as_path())
|
||||
.expect("writeable file");
|
||||
|
||||
items
|
||||
@ -189,7 +199,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
"{} Conditions für das Jahr {} in Datei '{}' exportiert",
|
||||
items.len(),
|
||||
year,
|
||||
output
|
||||
output.to_str().unwrap_or_default()
|
||||
))
|
||||
.green()
|
||||
.to_string(),
|
||||
@ -208,6 +218,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
year,
|
||||
ignore_exports_since,
|
||||
include_extern,
|
||||
include_histo_zyto,
|
||||
} => {
|
||||
let password = request_password_if_none(password);
|
||||
let year = sanitize_year(year);
|
||||
@ -225,13 +236,14 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
&ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
|
||||
pat_id,
|
||||
include_extern,
|
||||
include_histo_zyto,
|
||||
)
|
||||
.map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
|
||||
|
||||
let _ = term.clear_last_lines(1);
|
||||
|
||||
let csv_items = opal::OpalCsvFile::export(Path::new(&file))
|
||||
.map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
|
||||
let csv_items =
|
||||
opal::OpalCsvFile::export(file.as_path()).map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
|
||||
|
||||
let mut not_in_csv = db_items
|
||||
.iter()
|
||||
@ -250,7 +262,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
"{} Conditions aus der Datenbank für das Jahr {} - aber nicht in Datei '{}'",
|
||||
not_in_csv.len(),
|
||||
year,
|
||||
file
|
||||
file.to_str().unwrap_or_default()
|
||||
))
|
||||
.green()
|
||||
.to_string(),
|
||||
@ -308,7 +320,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
|
||||
&style(format!(
|
||||
"{} Conditions aus Datei '{}' - aber nicht in der Datenbank für das Jahr {}",
|
||||
not_in_db.len(),
|
||||
file,
|
||||
file.to_str().unwrap_or_default(),
|
||||
year
|
||||
))
|
||||
.green()
|
||||
|
@ -29,23 +29,23 @@ FROM (
|
||||
EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Patienten_Stammdaten/@Patient_ID') AS pid,
|
||||
lme.versionsnummer,
|
||||
SHA2(CONCAT('https://fhir.diz.uk-erlangen.de/identifiers/onkostar-xml-condition-id|', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Patienten_Stammdaten/@Patient_ID'), 'condition', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnose/@Tumor_ID')), 256) AS cond_id,
|
||||
SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Primaertumor_ICD_Code'), ' ', 1) AS condcodingcode,
|
||||
SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1) AS diagnosedatum,
|
||||
SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) AS diagnosejahr
|
||||
SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Primaertumor_ICD_Code'), ' ', 1) AS condcodingcode,
|
||||
SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1) AS diagnosedatum,
|
||||
SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) AS diagnosejahr
|
||||
FROM lkr_meldung_export lme
|
||||
JOIN lkr_meldung lm ON (lm.id = lme.lkr_meldung AND lme.typ <> '-1' AND lm.extern <= :include_extern)
|
||||
JOIN lkr_export le ON (le.id = lme.lkr_export)
|
||||
WHERE lme.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
|
||||
AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
|
||||
AND (lme.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lme.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lme.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lme.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
|
||||
AND le.exportiert_am < :ignore_exports_since
|
||||
WHERE lm.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
|
||||
AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
|
||||
AND (lm.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
|
||||
AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%' OR 1 = :include_histo_zyto)
|
||||
) o1
|
||||
LEFT OUTER JOIN (
|
||||
|
||||
SELECT
|
||||
SELECT DISTINCT
|
||||
SHA2(CONCAT('https://fhir.diz.uk-erlangen.de/identifiers/onkostar-xml-condition-id|', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Patienten_Stammdaten/@Patient_ID'), 'condition', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnose/@Tumor_ID')), 256) AS cond_id,
|
||||
MAX(versionsnummer) AS max_version
|
||||
CASE WHEN le.exportiert_am < :ignore_exports_since THEN MAX(versionsnummer) ELSE ~0 END AS max_version
|
||||
FROM lkr_meldung_export lme
|
||||
JOIN lkr_export le ON (lme.lkr_export = le.id)
|
||||
WHERE SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
|
||||
GROUP BY cond_id ORDER BY cond_id
|
||||
|
||||
|
@ -115,22 +115,22 @@ FROM (
|
||||
EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Patienten_Stammdaten/@Patient_ID') AS pid,
|
||||
lme.versionsnummer,
|
||||
SHA2(CONCAT('https://fhir.diz.uk-erlangen.de/identifiers/onkostar-xml-condition-id|', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Patienten_Stammdaten/@Patient_ID'), 'condition', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnose/@Tumor_ID')), 256) AS cond_id,
|
||||
SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Primaertumor_ICD_Code'), ' ', 1) AS condcodingcode,
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||||
SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) AS diagnosejahr
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||||
SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Primaertumor_ICD_Code'), ' ', 1) AS condcodingcode,
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||||
SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) AS diagnosejahr
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||||
FROM lkr_meldung_export lme
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JOIN lkr_meldung lm ON (lm.id = lme.lkr_meldung AND lme.typ <> '-1' AND lm.extern <= :include_extern)
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JOIN lkr_export le ON (le.id = lme.lkr_export)
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||||
WHERE lme.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
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||||
AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
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||||
AND (lme.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lme.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lme.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lme.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
|
||||
AND le.exportiert_am < :ignore_exports_since
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||||
AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
|
||||
AND (lm.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
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||||
AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%' OR 1 = :include_histo_zyto)
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) o1
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LEFT OUTER JOIN (
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SELECT
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SELECT DISTINCT
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SHA2(CONCAT('https://fhir.diz.uk-erlangen.de/identifiers/onkostar-xml-condition-id|', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Patienten_Stammdaten/@Patient_ID'), 'condition', EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnose/@Tumor_ID')), 256) AS cond_id,
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||||
MAX(versionsnummer) AS max_version
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CASE WHEN le.exportiert_am < :ignore_exports_since THEN MAX(versionsnummer) ELSE ~0 END AS max_version
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FROM lkr_meldung_export lme
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JOIN lkr_export le ON (lme.lkr_export = le.id)
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||||
WHERE SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lme.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
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GROUP BY cond_id ORDER BY cond_id
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