chore: bump version

Cargo.toml

@@ -1,6 +1,6 @@
 [package]
 name = "bzkf-rwdp-check"
-version = "0.3.2"
+version = "0.3.3"
 edition = "2021"
 authors = ["Paul-Christian Volkmer <volkmer_p@ukw.de>"]
 description = "Anwendung zur Durchführung einer Plausibilitätsprüfung anhand der Daten für die BZKF Real World Data Platform."

README.md

@@ -22,7 +22,8 @@ flowchart LR
 Die Anwendung gibt für die möglichen Quellen der Kennzahlen die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10 Gruppen,
 aus.
 
-Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder MySQL.
+Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder
+MySQL.
 
 ![Ausgabe](docs/screenshot.png)
 
@@ -39,8 +40,8 @@ Die Anwendung gibt nun eine Liste der ICD-10-Gruppen mit Anzahl der _Conditions_
 
 ## Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank
 
-Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der Onkostar-Datenbank
-abgerufen werden.
+Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der
+Onkostar-Datenbank abgerufen werden.
 
 ```
 bzkf-rwdp-check database --user me --year 2024
@@ -64,9 +65,12 @@ Der zusätzliche Parameter `--ignore-exports-since` ist optional.
 Wird er angegeben, werden keine Einträge mit Exportdatum ab diesem Datum verwendet.
 Dies eignet sich um nachträglich Zahlen zu einem bestimmten Datum zu ermitteln.
 
-Der Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
+Der optionale Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
 Diese sind normalerweise nicht enthalten.
 
+Der optionale Parameter `--include-histo-zyto` schließt Meldungen mit Meldeanlass `histologhie_zytologie` ein.
+Diese sind normalerweise ebenfalls nicht enthalten.
+
 ## Export aus der Onkostar-Datenbank
 
 Die Anwendung ist in der Lage, mit dem Befehl `export` die Spalten
@@ -78,8 +82,9 @@ Die Anwendung ist in der Lage, mit dem Befehl `export` die Spalten
 
 in eine CSV-Datei zum Abgleich mit der OPAL-CSV-Datei zu exportieren.
 
-Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank),
-zusätzlich gibt es noch die folgenden Parameter:
+Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie
+unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank), zusätzlich gibt es noch die
+folgenden Parameter:
 
 ```
 Options:
@@ -92,5 +97,5 @@ Options:
 
 Die Anwendung kann auch die Conditions in der CSV-Datei mit der Onkostar-Datenbank direkt vergleichen.
 
-Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die Option `--file`
-für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus.
+Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die
+Option `--file` für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus.

src/cli.rs

@@ -20,6 +20,7 @@
 
 use clap::{Parser, Subcommand};
 use regex::Regex;
+use std::path::PathBuf;
 
 #[derive(Parser)]
 #[command(author, version, about)]
@@ -34,7 +35,7 @@ pub enum SubCommand {
     #[command(about = "Ermittelt die Prüfwerte aus einem CSV-File für OPAL")]
     OpalFile {
         #[arg(short, long, help = "CSV-File für Opal")]
-        file: String,
+        file: PathBuf,
     },
     #[command(about = "Ermittelt die Prüfwerte aus der Onkostar-Datenbank")]
     Database {
@@ -63,6 +64,11 @@ pub enum SubCommand {
         ignore_exports_since: Option<String>,
         #[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
         include_extern: bool,
+        #[arg(
+            long,
+            help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
+        )]
+        include_histo_zyto: bool,
     },
     #[command(
         about = "Erstellt eine (reduzierte) CSV-Datei zum direkten Vergleich mit der OPAL-CSV-Datei"
@@ -90,7 +96,7 @@ pub enum SubCommand {
         #[arg(short = 'u', long, help = "Benutzername")]
         user: String,
         #[arg(short = 'o', long, help = "Ausgabedatei")]
-        output: String,
+        output: PathBuf,
         #[arg(short = 'y', long, help = "Jahr der Diagnose")]
         year: String,
         #[arg(long, value_parser = value_is_date, help = "Ignoriere LKR-Exporte seit Datum")]
@@ -99,6 +105,11 @@ pub enum SubCommand {
         xls_csv: bool,
         #[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
         include_extern: bool,
+        #[arg(
+            long,
+            help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
+        )]
+        include_histo_zyto: bool,
     },
     #[command(about = "Abgleich zwischen CSV-Datei für OPAL und Onkostar-Datenbank")]
     Compare {
@@ -124,13 +135,18 @@ pub enum SubCommand {
         #[arg(short = 'u', long, help = "Benutzername")]
         user: String,
         #[arg(short, long, help = "CSV-File für Opal")]
-        file: String,
+        file: PathBuf,
         #[arg(short = 'y', long, help = "Jahr der Diagnose")]
         year: String,
         #[arg(long, value_parser = value_is_date, help = "Ignoriere LKR-Exporte seit Datum")]
         ignore_exports_since: Option<String>,
         #[arg(long, help = "Meldungen mit externer Diagnose einschließen")]
         include_extern: bool,
+        #[arg(
+            long,
+            help = "Meldungen mit Meldeanlass 'histologie_zytologie' einschließen"
+        )]
+        include_histo_zyto: bool,
     },
 }
 

src/common.rs

@@ -63,7 +63,7 @@ impl Check {
                 icd10_code: Self::map_icd_code(&record.icd10_code),
             })
             .sorted_by_key(|record| record.icd10_code.to_string())
-            .group_by(|record| record.icd10_code.to_string())
+            .chunk_by(|record| record.icd10_code.to_string())
             .into_iter()
             .map(|(icd10, group)| (icd10, group.collect::<Vec<_>>()))
             .map(|record| Icd10GroupSize {

src/database.rs

@@ -40,13 +40,19 @@ impl DatabaseSource {
         year: &str,
         ignore_exports_since: &str,
         include_extern: bool,
+        include_histo_zyto: bool,
     ) -> Result<Vec<Icd10GroupSize>, ()> {
         match Pool::new(self.0.as_str()) {
             Ok(pool) => {
                 if let Ok(mut connection) = pool.try_get_conn(Duration::from_secs(3)) {
                     return match connection.exec_map(
                         SQL_QUERY,
-                        params! {"year" => year, "ignore_exports_since" => ignore_exports_since, "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 } },
+                        params! {
+                            "year" => year,
+                            "ignore_exports_since" => ignore_exports_since,
+                            "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 },
+                            "include_histo_zyto" => if include_histo_zyto { 1 } else { 0 }
+                        },
                         |(icd10_group, count)| Icd10GroupSize {
                             name: icd10_group,
                             size: count,
@@ -71,13 +77,19 @@ impl DatabaseSource {
         ignore_exports_since: &str,
         use_pat_id: bool,
         include_extern: bool,
+        include_histo_zyto: bool,
     ) -> Result<Vec<ExportData>, ()> {
         match Pool::new(self.0.as_str()) {
             Ok(pool) => {
                 if let Ok(mut connection) = pool.try_get_conn(Duration::from_secs(3)) {
                     return match connection.exec_map(
                         EXPORT_QUERY,
-                        params! {"year" => year, "ignore_exports_since" => ignore_exports_since, "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 } },
+                        params! {
+                            "year" => year,
+                            "ignore_exports_since" => ignore_exports_since,
+                            "include_extern" => if include_extern { 1 } else { 0 },
+                            "include_histo_zyto" => if include_histo_zyto { 1 } else { 0 }
+                        },
                         |(condition_id, icd_10_code, diagnosis_date, pat_id)| ExportData {
                             condition_id,
                             icd_10_code,

src/main.rs

@@ -19,7 +19,6 @@
  */
 
 use std::error::Error;
-use std::path::Path;
 
 use clap::Parser;
 use console::{style, Term};
@@ -106,8 +105,8 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
 
     match Cli::parse().cmd {
         SubCommand::OpalFile { file } => {
-            let items = opal::OpalCsvFile::check(Path::new(&file))
-                .map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
+            let items =
+                opal::OpalCsvFile::check(file.as_path()).map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
 
             print_items(&items);
         }
@@ -120,6 +119,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
             year,
             ignore_exports_since,
             include_extern,
+            include_histo_zyto,
         } => {
             let password = request_password_if_none(password);
             let year = sanitize_year(year);
@@ -136,6 +136,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                     &year,
                     &ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
                     include_extern,
+                    include_histo_zyto,
                 )
                 .map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
 
@@ -156,6 +157,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
             ignore_exports_since,
             xls_csv,
             include_extern,
+            include_histo_zyto,
         } => {
             let password = request_password_if_none(password);
             let year = sanitize_year(year);
@@ -173,6 +175,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                     &ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
                     pat_id,
                     include_extern,
+                    include_histo_zyto,
                 )
                 .map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
 
@@ -184,7 +187,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                 writer_builder = writer_builder.delimiter(b';');
             }
             let mut writer = writer_builder
-                .from_path(Path::new(&output))
+                .from_path(output.as_path())
                 .expect("writeable file");
 
             items
@@ -196,7 +199,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                     "{} Conditions für das Jahr {} in Datei '{}' exportiert",
                     items.len(),
                     year,
-                    output
+                    output.to_str().unwrap_or_default()
                 ))
                 .green()
                 .to_string(),
@@ -215,6 +218,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
             year,
             ignore_exports_since,
             include_extern,
+            include_histo_zyto,
         } => {
             let password = request_password_if_none(password);
             let year = sanitize_year(year);
@@ -232,13 +236,14 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                     &ignore_exports_since.unwrap_or("9999-12-31".into()),
                     pat_id,
                     include_extern,
+                    include_histo_zyto,
                 )
                 .map_err(|_e| "Fehler bei Zugriff auf die Datenbank")?;
 
             let _ = term.clear_last_lines(1);
 
-            let csv_items = opal::OpalCsvFile::export(Path::new(&file))
-                .map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
+            let csv_items =
+                opal::OpalCsvFile::export(file.as_path()).map_err(|_e| "Kann Datei nicht lesen")?;
 
             let mut not_in_csv = db_items
                 .iter()
@@ -257,7 +262,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                     "{} Conditions aus der Datenbank für das Jahr {} - aber nicht in Datei '{}'",
                     not_in_csv.len(),
                     year,
-                    file
+                    file.to_str().unwrap_or_default()
                 ))
                 .green()
                 .to_string(),
@@ -315,7 +320,7 @@ fn main() -> Result<(), Box<dyn Error>> {
                 &style(format!(
                     "{} Conditions aus Datei '{}' - aber nicht in der Datenbank für das Jahr {}",
                     not_in_db.len(),
-                    file,
+                    file.to_str().unwrap_or_default(),
                     year
                 ))
                 .green()

src/resources/export.sql

@@ -37,7 +37,7 @@ FROM (
     WHERE lm.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
         AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
         AND (lm.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
-        AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%')
+        AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%' OR 1 = :include_histo_zyto)
     ) o1
     LEFT OUTER JOIN (
 

src/resources/query.sql

@@ -122,7 +122,7 @@ FROM (
     WHERE lme.xml_daten LIKE '%ICD_Version%'
         AND SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(EXTRACTVALUE(lm.xml_daten, '//Diagnosedatum'), ' ', 1), '.', -1) = :year
         AND (lm.xml_daten LIKE '%<cTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<pTNM%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Histologie>%' OR lm.xml_daten LIKE '%<Menge_Weitere_Klassifikation>%')
-        AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%')
+        AND (lm.xml_daten NOT LIKE '%histologie_zytologie%' OR 1 = :include_histo_zyto)
     ) o1
     LEFT OUTER JOIN (