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# BZKF Real World Data Platform - Plausibilitätsprüfung
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Anwendung zur Durchführung einer Plausibilitätsprüfung anhand der Daten für die BZKF Real World Data Platform.
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## Aufbau der ETL-Strecke an den Standorten
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Die Daten werden aus der Onkostar-Datenbank ausgelesen und in Apache-Kafka eingespeist.
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Nach Durchlauf der ETL-Strecke wird das Ergebnis in einer CSV-Datei gespeichert.
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Diese wird dann (aktuell) manuell in OPAL importiert.
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```mermaid
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flowchart LR
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A[Database] --> B[Kafka-Connect]
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B --> C[ADT to FHIR]
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C --> D[fhir-pseudonymizer]
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D --> E[obds-fhir-to-opal]
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E -->|CSV-File| F[OPAL]
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```
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## Ermittelte Kennzahlen
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Die Anwendung gibt für die möglichen Quellen der Kennzahlen die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10 Gruppen,
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aus.
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Unterstützt wird eien OPAL-CSV-Datei (wie für BZKF vorgesehen) und eine Onkostar-Datenbank, basierend auf MariaDB oder MySQL.
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## Kennzahlen aus der CSV-Datei
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Vor Veröffentlichung der Daten der CSV-Datei in Opal kann die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10 Gruppen,
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mit dem Befehl `opal-file` aus der CSV-Datei gewonnen werden.
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```
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bzkf-rwdp-check opal-file --file <Opal-CSV-Datei>.csv
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```
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Die Anwendung gibt nun eine Liste der ICD-10-Gruppen mit Anzahl der _Conditions_ aus.
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## Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank
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Die Anzahl der _Conditions_, gruppiert nach ICD-10-Gruppe, kann auch mit dem Befehl `database` aus der Onkostar-Datenbank
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abgerufen werden.
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```
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bzkf-rwdp-check database --user me --year 2024
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```
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Die Anwendung gibt auch hier eine Liste der ICD-10-Gruppen mit Anzahl der _Conditions_ aus.
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Dieser Befehl hat noch weitere Parameter:
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```
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Options:
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-D, --database <DATABASE> Datenbank-Name [default: onkostar]
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-h, --host <HOST> Datenbank-Host [default: localhost]
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-P, --port <PORT> Datenbank-Host [default: 3306]
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-p, --password <PASSWORD> Passwort. Wenn nicht angegeben, wird danach gefragt
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-u, --user <USER> Benutzername
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-y, --year <YEAR> Jahr der Diagnose
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```
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Der zusätzliche Parameter `--ignore-exports-since` ist optional.
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Wird er angegeben, werden keine Einträge mit Exportdatum ab diesem Datum verwendet.
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Dies eignet sich um nachträglich Zahlen zu einem bestimmten Datum zu ermitteln.
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Der Parameter `--include-extern` schließt Meldungen mit externer Diagnosestellung ein.
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Diese sind normalerweise nicht enthalten.
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## Export aus der Onkostar-Datenbank
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Die Anwendung ist in der Lage, mit dem Befehl `export` die Spalten
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* `pat_id`: Patienten-ID (optional über Parameter `--pat-id`)
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* `cond_id`: Condition-ID
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* `conditiondate`: Datum der Diagnose
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* `condcodingcode`: Der ICD-10-Code der Diagnose
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in eine CSV-Datei zum Abgleich mit der OPAL-CSV-Datei zu exportieren.
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Hierbei gelten die gleichen Datenbank-Parameter wie unter [Kennzahlen aus der Onkostar-Datenbank](#kennzahlen-aus-der-onkostar-datenbank),
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zusätzlich gibt es noch die folgenden Parameter:
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Options:
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--pat-id Export mit Klartext-Patienten-ID
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-o, --output <OUTPUT> Ausgabedatei
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--xls-csv Export mit Trennzeichen ';' für Excel
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```
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## Vergleich CSV-Datei für OPAL und Onkostar-Datenbank
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Die Anwendung kann auch die Conditions in der CSV-Datei mit der Onkostar-Datenbank direkt vergleichen.
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Hierzu kann der Befehl `compare` genutzt werden. Dieser verwendet alle Optionen für die Datenbank und die Option `--file`
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für die CSV-Datei und gibt eine Übersicht auf der Konsole aus. |