Datenextraktion aus den Onkostar DNPM-Formularen

Ziel dieser Library ist die Bereitstellung von Methoden zum Laden von Daten der DNPM-Formulare aus der Onkostar-Datenbank und dem Mapping in das DNPM-Datenmodell 2.1.

Beispiel

Beispiel zur Konfiguration der Datenbankanbindung, Abruf über eine Fallnummer im Formular DNPM Klinik/Anamnese und Serialisierung als JSON-String.

var datasource = new MariaDbDataSource();
datasource.setUrl("jdbc:mariadb://localhost:3306/onkostar");
datasource.setUser("onkostar");
datasource.setPassword("devpass");

var mtbMapper = MtbDataMapper.create(datasource);

var jsonResult = Converter.toJsonString(
  mtbMapper.getByCaseId("16000123")
);

Es ist auch möglich, die Daten anhand der Patienten-ID und dem Tumoridentifikator zu ermitteln. Hierbei wird das letzte Formular DNPM Klinik/Anamnese andhand des Anmeldedatums MTB ausgewählt und verwendet.

...

var jsonResult = Converter.toJsonString(
  mtbMapper.getLatestByPatientIdAndTumorId("2000123456", 1))
);

Status

DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich	Status	Anmerkung
Patient	✅	Verwendet Datenbank-ID, keine managing Site
Episoden	✅
Diagnosen	✅	Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode
Verwandten-Diagnosen	✅
Systemische Leitlinien-Therapien	✅	Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9
Leitlinien-Prozeduren	✅	Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9
ECOG-Verlauf	✅
Tumor-Proben	⛅	Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1)
vorherige Molekular-Diagnostik	⌛	Aktuell in Arbeit
Histologie-Berichte	⌛	Aktuell in Arbeit
IHC-Berichte
MSI-Befunde
NGS-Berichte	⌛	Aktuell in Arbeit
MTB-Beschlüsse	⛅	Best effort: Stützende molekulare Alteration(en) aktuell nicht möglich (2)
Follow-Up Verlauf
Antrag Kostenübernahme
Antwort Kostenübernahme
Therapien
Response Befunde

Hinweise

1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in OS.Molekulargenetik vorhanden.
2. Nach Implementierung Mapping von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID ist die Angabe der optionalen stützenden molekularen Alteration(en) möglich.