feat: additional mapping in TherapieplanDataMapper

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@@ -36,25 +36,30 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString(
 
 ## Status
 
-| DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich   | Status | Anmerkung                                                                  |
+| DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich   | Status | Anmerkung                                                                      |
-|----------------------------------|--------|----------------------------------------------------------------------------|
+|----------------------------------|--------|--------------------------------------------------------------------------------|
-| Patient                          | ✅      | Verwendet Datenbank-ID, keine managing Site                                |
+| Patient                          | ✅      | Verwendet Datenbank-ID, keine managing Site                                    |
-| Episoden                         | ✅      |                                                                            |
+| Episoden                         | ✅      |                                                                                |
-| Diagnosen                        | ✅      | Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode             |
+| Diagnosen                        | ✅      | Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode                 |
-| Verwandten-Diagnosen             | ✅      |                                                                            |
+| Verwandten-Diagnosen             | ✅      |                                                                                |
-| Systemische Leitlinien-Therapien | ✅      | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9                 |
+| Systemische Leitlinien-Therapien | ✅      | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9                     |
-| Leitlinien-Prozeduren            | ✅      | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9                 |
+| Leitlinien-Prozeduren            | ✅      | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9                     |
-| ECOG-Verlauf                     | ✅      |                                                                            |
+| ECOG-Verlauf                     | ✅      |                                                                                |
-| Tumor-Proben                     | ⛅      | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen |
+| Tumor-Proben                     | ⛅      | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1) |
-| vorherige Molekular-Diagnostik   | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                          |
+| vorherige Molekular-Diagnostik   | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                              |
-| Histologie-Berichte              | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                          |
+| Histologie-Berichte              | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                              |
-| IHC-Berichte                     |        |                                                                            |
+| IHC-Berichte                     |        |                                                                                |
-| MSI-Befunde                      |        |                                                                            |
+| MSI-Befunde                      |        |                                                                                |
-| NGS-Berichte                     | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                          |
+| NGS-Berichte                     | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                              |
-| MTB-Beschlüsse                   | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                          |
+| MTB-Beschlüsse                   | ⛅      | Best effort: Stützende molekulare Alteration(en) aktuell nicht möglich (2)     |
-| Follow-Up Verlauf                |        |                                                                            |
+| Follow-Up Verlauf                |        |                                                                                |
-| Antrag Kostenübernahme           |        |                                                                            |
+| Antrag Kostenübernahme           |        |                                                                                |
-| Antwort Kostenübernahme          |        |                                                                            |
+| Antwort Kostenübernahme          |        |                                                                                |
-| Therapien                        |        |                                                                            |
+| Therapien                        |        |                                                                                |
-| Response Befunde                 |        |                                                                            |
+| Response Befunde                 |        |                                                                                |
 
+### Hinweise
+
+1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in `OS.Molekulargenetik` vorhanden.
+2. Nach Implementierung Mapping von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID ist die Angabe der optionalen stützenden
+   molekularen Alteration(en) möglich.

src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper.java

@@ -1,10 +1,12 @@
 package dev.pcvolkmer.onco.datamapper.mapper;
 
-import dev.pcvolkmer.mv64e.mtb.MtbMedicationRecommendation;
+import dev.pcvolkmer.mv64e.mtb.*;
-import dev.pcvolkmer.mv64e.mtb.Reference;
+import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.PropertyCatalogue;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.ResultSet;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.EinzelempfehlungCatalogue;
 
+import java.io.IOException;
+import java.util.Arrays;
 import java.util.List;
 import java.util.stream.Collectors;
 
@@ -18,13 +20,19 @@ import static dev.pcvolkmer.onco.datamapper.mapper.MapperUtils.getPatientReferen
  */
 public class EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper extends AbstractEinzelempfehlungDataMapper<MtbMedicationRecommendation> {
 
-    public EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper(EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue) {
+    private final PropertyCatalogue propertyCatalogue;
+
+    public EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper(
+            EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue,
+            PropertyCatalogue propertyCatalogue
+    ) {
         super(einzelempfehlungCatalogue);
+        this.propertyCatalogue = propertyCatalogue;
     }
 
     @Override
     protected MtbMedicationRecommendation map(ResultSet resultSet) {
-        return MtbMedicationRecommendation.builder()
+        var resultBuilder = MtbMedicationRecommendation.builder()
                 .id(resultSet.getString("id"))
                 .patient(getPatientReference(resultSet.getString("patient_id")))
                 // TODO Fix id?
@@ -37,8 +45,31 @@ public class EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper extends AbstractEinzelempfehlun
                         )
                 )
                 .medication(JsonToMedicationMapper.map(resultSet.getString("wirkstoffe_json")))
-                .levelOfEvidence(getLevelOfEvidence(resultSet))
+                .levelOfEvidence(getLevelOfEvidence(resultSet));
-                .build();
+
+        if (null != resultSet.getString("art_der_therapie")) {
+            resultBuilder.category(
+                    getMtbMedicationRecommendationCategoryCoding(
+                            resultSet.getString("art_der_therapie"),
+                            resultSet.getInteger("art_der_therapie_propcat_version")
+                    )
+            );
+        }
+
+        if (null != resultSet.getString("empfehlungsart")) {
+            resultBuilder.useType(
+                    getMtbMedicationRecommendationUseTypeCoding(
+                            resultSet.getString("empfehlungsart"),
+                            resultSet.getInteger("empfehlungsart_propcat_version")
+                    )
+            );
+        }
+
+        if (null != resultSet.getString("st_mol_alt_variante")) {
+            // Empty for now
+        }
+
+        return resultBuilder.build();
     }
 
     @Override
@@ -51,13 +82,47 @@ public class EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper extends AbstractEinzelempfehlun
         return catalogue.getAllByParentId(parentId)
                 .stream()
                 // Filter Wirkstoffempfehlung (Systemische Therapie)
-                .filter(it -> it.getString("art_der_therapie") == null
+                .filter(it -> "systemisch".equals(it.getString("empfehlungskategorie")))
-                        || it.getString("art_der_therapie").isBlank())
-                .filter(it -> it.getString("empfehlungskategorie") == null
-                        || it.getString("empfehlungskategorie").isBlank()
-                        || "systemisch".equals(it.getString("empfehlungskategorie")))
                 .map(this::map)
                 .collect(Collectors.toList());
     }
 
+    private MtbMedicationRecommendationCategoryCoding getMtbMedicationRecommendationCategoryCoding(String code, int version) {
+        if (code == null || !Arrays.stream(MtbMedicationRecommendationCategoryCodingCode.values()).map(MtbMedicationRecommendationCategoryCodingCode::toValue).collect(Collectors.toSet()).contains(code)) {
+            return null;
+        }
+
+        var resultBuilder = MtbMedicationRecommendationCategoryCoding.builder()
+                .system("dnpm-dip/mtb/recommendation/systemic-therapy/category");
+
+        try {
+            resultBuilder
+                    .code(MtbMedicationRecommendationCategoryCodingCode.forValue(code))
+                    .display(propertyCatalogue.getByCodeAndVersion(code, version).getShortdesc());
+        } catch (IOException e) {
+            return null;
+        }
+
+        return resultBuilder.build();
+    }
+
+    private MtbMedicationRecommendationUseTypeCoding getMtbMedicationRecommendationUseTypeCoding(String code, int version) {
+        if (code == null || !Arrays.stream(MtbMedicationRecommendationUseTypeCodingCode.values()).map(MtbMedicationRecommendationUseTypeCodingCode::toValue).collect(Collectors.toSet()).contains(code)) {
+            return null;
+        }
+
+        var resultBuilder = MtbMedicationRecommendationUseTypeCoding.builder()
+                .system("dnpm-dip/mtb/recommendation/systemic-therapy/use-type");
+
+        try {
+            resultBuilder
+                    .code(MtbMedicationRecommendationUseTypeCodingCode.forValue(code))
+                    .display(propertyCatalogue.getByCodeAndVersion(code, version).getShortdesc());
+        } catch (IOException e) {
+            return null;
+        }
+
+        return resultBuilder.build();
+    }
+
 }

src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/MtbDataMapper.java

@@ -86,6 +86,8 @@ public class MtbDataMapper implements DataMapper<Mtb> {
         var therapieplanCatalogue = catalogueFactory.catalogue(TherapieplanCatalogue.class);
         var therapieplanDataMapper = new TherapieplanDataMapper(
                 therapieplanCatalogue,
+                catalogueFactory.catalogue(RebiopsieCatalogue.class),
+                catalogueFactory.catalogue(ReevaluationCatalogue.class),
                 einzelempfehlungCatalogue,
                 propertyCatalogue
         );

src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/TherapieplanDataMapper.java

@@ -2,8 +2,7 @@ package dev.pcvolkmer.onco.datamapper.mapper;
 
 import dev.pcvolkmer.mv64e.mtb.*;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.PropertyCatalogue;
-import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.EinzelempfehlungCatalogue;
+import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.*;
-import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.TherapieplanCatalogue;
 
 import java.io.IOException;
 import java.util.Arrays;
@@ -21,6 +20,8 @@ import static dev.pcvolkmer.onco.datamapper.mapper.MapperUtils.getPatientReferen
 public class TherapieplanDataMapper implements DataMapper<MtbCarePlan> {
 
     private final TherapieplanCatalogue therapieplanCatalogue;
+    private final RebiopsieCatalogue rebiopsieCatalogue;
+    private final ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue;
     private final PropertyCatalogue propertyCatalogue;
 
     private final EinzelempfehlungProzedurDataMapper einzelempfehlungProzedurDataMapper;
@@ -29,14 +30,18 @@ public class TherapieplanDataMapper implements DataMapper<MtbCarePlan> {
 
     public TherapieplanDataMapper(
             final TherapieplanCatalogue therapieplanCatalogue,
+            final RebiopsieCatalogue rebiopsieCatalogue,
+            final ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue,
             final EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue,
             final PropertyCatalogue propertyCatalogue
     ) {
         this.therapieplanCatalogue = therapieplanCatalogue;
+        this.rebiopsieCatalogue = rebiopsieCatalogue;
+        this.reevaluationCatalogue = reevaluationCatalogue;
         this.propertyCatalogue = propertyCatalogue;
 
         this.einzelempfehlungProzedurDataMapper = new EinzelempfehlungProzedurDataMapper(einzelempfehlungCatalogue);
-        this.einzelempfehlungWirkstoffDataMapper = new EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper(einzelempfehlungCatalogue);
+        this.einzelempfehlungWirkstoffDataMapper = new EinzelempfehlungWirkstoffDataMapper(einzelempfehlungCatalogue, propertyCatalogue);
         this.einzelempfehlungStudieDataMapper = new EinzelempfehlungStudieDataMapper(einzelempfehlungCatalogue);
     }
 
@@ -55,6 +60,16 @@ public class TherapieplanDataMapper implements DataMapper<MtbCarePlan> {
                 .id(therapieplanData.getString("id"))
                 .patient(getPatientReference(therapieplanData.getString("patient_id")))
                 .issuedOn(therapieplanData.getDate("datum"))
+                .histologyReevaluationRequests(getHistologyReevaluationRequests(id))
+                .rebiopsyRequests(
+                        getRebiopsyRequest(
+                                id,
+                                Reference.builder()
+                                        .id(therapieplanData.getString("ref_dnpm_klinikanamnese"))
+                                        .type("MTBDiagnosis")
+                                        .build()
+                        )
+                )
         ;
 
         if (therapieplanData.isTrue("mit_einzelempfehlung")) {
@@ -137,4 +152,30 @@ public class TherapieplanDataMapper implements DataMapper<MtbCarePlan> {
         return resultBuilder.build();
     }
 
+    private List<RebiopsyRequest> getRebiopsyRequest(int parentId, Reference diagnosisReference) {
+        return this.rebiopsieCatalogue.getAllByParentId(parentId).stream()
+                .map(resultSet ->
+                        RebiopsyRequest.builder()
+                                .id(resultSet.getString("id"))
+                                .patient(getPatientReference(resultSet.getString("patient_id")))
+                                .issuedOn(resultSet.getDate("datum"))
+                                .tumorEntity(diagnosisReference)
+                                .build()
+                )
+                .collect(Collectors.toList());
+    }
+
+    private List<HistologyReevaluationRequest> getHistologyReevaluationRequests(int parentId) {
+        return this.reevaluationCatalogue.getAllByParentId(parentId).stream()
+                .map(resultSet ->
+                        HistologyReevaluationRequest.builder()
+                                .id(resultSet.getString("id"))
+                                .patient(getPatientReference(resultSet.getString("patient_id")))
+                                .issuedOn(resultSet.getDate("datum"))
+                                .specimen(Reference.builder().id(resultSet.getString("ref_molekulargenetik")).build())
+                                .build()
+                )
+                .collect(Collectors.toList());
+    }
+
 }

src/test/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/TherapieplanDataMapperTest.java

@@ -4,6 +4,8 @@ import dev.pcvolkmer.mv64e.mtb.*;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.PropertyCatalogue;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.ResultSet;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.EinzelempfehlungCatalogue;
+import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.RebiopsieCatalogue;
+import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.ReevaluationCatalogue;
 import dev.pcvolkmer.onco.datamapper.datacatalogues.TherapieplanCatalogue;
 import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
 import org.junit.jupiter.api.Test;
@@ -24,6 +26,8 @@ class TherapieplanDataMapperTest {
 
     TherapieplanCatalogue therapieplanCatalogue;
     EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue;
+    RebiopsieCatalogue rebiopsieCatalogue;
+    ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue;
     PropertyCatalogue propertyCatalogue;
 
     TherapieplanDataMapper dataMapper;
@@ -31,13 +35,23 @@ class TherapieplanDataMapperTest {
     @BeforeEach
     void setUp(
             @Mock TherapieplanCatalogue therapieplanCatalogue,
+            @Mock RebiopsieCatalogue rebiopsieCatalogue,
+            @Mock ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue,
             @Mock EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue,
             @Mock PropertyCatalogue propertyCatalogue
     ) {
         this.therapieplanCatalogue = therapieplanCatalogue;
+        this.rebiopsieCatalogue = rebiopsieCatalogue;
+        this.reevaluationCatalogue = reevaluationCatalogue;
         this.einzelempfehlungCatalogue = einzelempfehlungCatalogue;
         this.propertyCatalogue = propertyCatalogue;
-        this.dataMapper = new TherapieplanDataMapper(therapieplanCatalogue, einzelempfehlungCatalogue, propertyCatalogue);
+        this.dataMapper = new TherapieplanDataMapper(
+                therapieplanCatalogue,
+                rebiopsieCatalogue,
+                reevaluationCatalogue,
+                einzelempfehlungCatalogue,
+                propertyCatalogue
+        );
     }
 
     @Test
@@ -47,7 +61,8 @@ class TherapieplanDataMapperTest {
                 "patient_id", "42",
                 "wirkstoffe_json", "[{\"code\":\"\",\"name\":\"PARP-Inhibierung\",\"system\":\"UNREGISTERED\"}]",
                 "protokollauszug", "Das ist ein Protokollauszug",
-                "mit_einzelempfehlung", true
+                "mit_einzelempfehlung", true,
+                "empfehlungskategorie", "systemisch"
         );
 
         doAnswer(invocationOnMock -> {