Datenextraktion aus den Onkostar DNPM-Formularen

Ziel dieser Library ist die Bereitstellung von Methoden zum Laden von Daten der DNPM-Formulare aus der Onkostar-Datenbank und dem Mapping in das DNPM-Datenmodell 2.1.

Beispiel

Beispiel zur Konfiguration der Datenbankanbindung, Abruf über eine Fallnummer im Formular DNPM Klinik/Anamnese und Serialisierung als JSON-String.

var datasource = new MariaDbDataSource();
datasource.setUrl("jdbc:mariadb://localhost:3306/onkostar");
datasource.setUser("onkostar");
datasource.setPassword("devpass");

var mtbMapper = MtbDataMapper.create(datasource);

var jsonResult = Converter.toJsonString(
  mtbMapper.getByCaseId("16000123")
);

Es ist auch möglich, die Daten anhand der Patienten-ID und dem Tumoridentifikator zu ermitteln. Hierbei wird das letzte Formular DNPM Klinik/Anamnese anhand des Anmeldedatums MTB ausgewählt und verwendet.

...

var jsonResult = Converter.toJsonString(
  mtbMapper.getLatestByPatientIdAndTumorId("2000123456", 1))
);

Status

Das Projekt befindet sich aktuell in einem sehr frühen Entwicklungsstand und kann daher auch bei Status ✅ Probleme aufweisen. Um Mithilfe wird gebeten.

DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich	Status	Anmerkung
MV Metadaten	⛅	MV Consent anhand DNPM-Formular. Kein Broad Consent
Patient	✅	Verwendet Patienten-ID, nicht Datenbank-ID. Keine Managing Site
Episoden	✅
Diagnosen	✅	Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode
Verwandten-Diagnosen	✅
Systemische Leitlinien-Therapien	✅	Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9
Leitlinien-Prozeduren	✅	Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9
ECOG-Verlauf	✅
Tumor-Proben	⛅	Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1)
vorherige Molekular-Diagnostik	✅
Histologie-Berichte	✅
IHC-Berichte	-	Aktuell nicht vorgesehen
MSI-Befunde	⛅	Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (2)
NGS-Berichte	⛅	Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (2)
MTB-Beschlüsse	✅	Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (3)
Follow-Up Verlauf	-	Späterer Zeitpunkt
Antrag Kostenübernahme	-	Späterer Zeitpunkt
Antwort Kostenübernahme	-	Späterer Zeitpunkt
Therapien	-	Späterer Zeitpunkt
Response Befunde	-	Späterer Zeitpunkt

Hinweise

1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in OS.Molekulargenetik vorhanden.
2. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular OS.Molekulargenetik wie gefordert angebbar. Hinweise:
   • Tumorzellgehalt-Methode problematisch, wenn auch im NGS-Bericht histologisch festgestellt.
   • Angabe zu MSI-Interpretation fehlt in Formular, ist aber Pflichtangabe - Wird gefiltert.
   • Datenbanktabelle für MSI lautet tatsächlich dk_molekluargenmsi [sic!]
3. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.

Enthaltene Liste mit Genen

Es ist eine Liste mit über 43000 Genen von https://genenames.org enthalten.

Diese Liste der Gene unterliegt der folgenden Lizenz und ist frei verfügbar: Creative Commons Public Domain (CC0) License.

Zusätzliche Informationen

Weitere benötigte Informationen können ebenfalls abgerufen werden.

var customMetadataMapper = new CustomMetadataDataMapper(
        KpaCatalogue.create(new JdbcTemplate(datasource)),
        PatientCatalogue.create(new JdbcTemplate(datasource))
);

var additional1 = customMetadataMapper.getByCaseId("16000123");
// oder
var additional2 = customMetadataMapper.getLatestByPatientIdAndTumorId("2000123456", 1);

Aktuell wird hier die Fallnummer und Krankenversicherungsnummer abgerufen.