pcvolkmer/onkostar-plugin-dnpm
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Mapping für Formular "MR.MTB_Anmeldung" zu Therapieplan-Protokollauszug hinzugefügt

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Paul-Christian Volkmer
2023-03-21 17:32:48 +01:00
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5
README.md
View File

@ -17,10 +17,11 @@ VALUES (
## Mapping MTB zu Therapieplan-Protokollauszug
Das Plugin ermöglicht die Übernahme von Inhalten aus einem MTB in den Protokollauszug des DNPM Therapieplans. Für die beiden Formulare
Das Plugin ermöglicht die Übernahme von Inhalten aus einem MTB in den Protokollauszug des DNPM Therapieplans. Für die Formulare
* `OS.Tumorkonferenz`
* `OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW`
* `MR.MTB_Anmeldung`
liegen bereits Implementierungen vor. Um eigene Implementierungen vorzunehmen, die sich an andere Formulare oder Formularvarianten richtet,
muss hierzu das Interface `ProcedureToProtocolMapper` implementiert werden. Dazu muss die Methode `apply(Procedure)` derart implementiert werden,
@ -29,7 +30,7 @@ sodass aus einer Prozedur ein entsprechender Abschnitt als Text für den Protoko
Als Rückgabewert wird hierbei ein Wert vom Typ `Optional<String>` erwartet, dabei z.B. `Optional.of("Text")`, wenn ein zu verwendender Text oder
z.B. `Optional.empty()` wenn kein zu verwendender Text zurückgegeben wird.
Anschließend ist das Mapping im Interface `MtbService` in der Methode `procedureToProtocolMapper(Procedure)` einzutragen, beispielsweise durch
Anschließend ist das Mapping in `DefaultMtbService` in der Methode `procedureToProtocolMapper(Procedure)` einzutragen, beispielsweise durch
```
...

4
src/main/java/DNPM/config/PluginConfiguration.java
View File

@ -38,8 +38,8 @@ public class PluginConfiguration {
}
@Bean
public MtbService mtbService() {
return new DefaultMtbService();
public MtbService mtbService(final IOnkostarApi onkostarApi) {
return new DefaultMtbService(onkostarApi);
}
@Bean

23
src/main/java/DNPM/services/mtb/DefaultMtbService.java
View File

@ -1,5 +1,6 @@
package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import java.util.Comparator;
@ -14,12 +15,18 @@ import java.util.stream.Collectors;
*/
public class DefaultMtbService implements MtbService {
private final IOnkostarApi onkostarApi;
public DefaultMtbService(final IOnkostarApi onkostarApi) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
}
@Override
public String getProtocol(List<Procedure> procedures) {
return procedures.stream()
.sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate))
.map(procedure -> {
var mapper = MtbService.procedureToProtocolMapper(procedure);
var mapper = procedureToProtocolMapper(procedure);
return mapper.apply(procedure);
})
.filter(Optional::isPresent)
@ -29,4 +36,18 @@ public class DefaultMtbService implements MtbService {
}
@Override
public ProcedureToProtocolMapper procedureToProtocolMapper(Procedure procedure) {
switch (procedure.getFormName()) {
case "OS.Tumorkonferenz":
return new OsTumorkonferenzToProtocolMapper();
case "OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW":
return new OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper();
case "MR.MTB_Anmeldung":
return new MrMtbAnmeldungToProtocolMapper(this.onkostarApi);
default:
return p -> Optional.empty();
}
}
}

54
src/main/java/DNPM/services/mtb/MrMtbAnmeldungToProtocolMapper.java Normal file
View File

@ -0,0 +1,54 @@
package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Comparator;
import java.util.Optional;
public class MrMtbAnmeldungToProtocolMapper implements ProcedureToProtocolMapper {
private final IOnkostarApi onkostarApi;
public MrMtbAnmeldungToProtocolMapper(final IOnkostarApi onkostarApi) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
}
@Override
public Optional<String> apply(Procedure procedure) {
assert (procedure.getFormName().equals("MR.MTB_Anmeldung"));
var resultParts = new ArrayList<String>();
var fragestellung = procedure.getValue("Fragestellung");
if (null != fragestellung && !fragestellung.getString().isBlank()) {
resultParts.add(String.format("Fragestellung:\n%s", fragestellung.getString()));
}
var refEmpfehlung = procedure.getValue("Empfehlung");
if (null != refEmpfehlung && refEmpfehlung.getInt() > 0) {
var empfehlungsProzedur = onkostarApi.getProcedure(refEmpfehlung.getInt());
var refEinzelempfehlungen = onkostarApi.getSubprocedures(empfehlungsProzedur.getId());
if (null != refEinzelempfehlungen) {
refEinzelempfehlungen.stream()
.sorted(Comparator.comparingInt(proc -> proc.getValue("Prioritaet").getInt()))
.forEach(proc -> {
if (proc.getFormName().equals("MR.MTB_Einzelempfehlung")) {
var empfehlung = proc.getValue("Empfehlung");
if (null != empfehlung && !empfehlung.getString().isBlank()) {
resultParts.add(String.format("Empfehlung:\n%s", empfehlung.getString()));
}
}
});
}
}
if (resultParts.isEmpty()) {
return Optional.empty();
}
return Optional.of(String.join("\n\n", resultParts));
}
}

12
src/main/java/DNPM/services/mtb/MtbService.java
View File

@ -3,19 +3,9 @@ package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import java.util.List;
import java.util.Optional;
public interface MtbService {
String getProtocol(List<Procedure> procedures);
static ProcedureToProtocolMapper procedureToProtocolMapper(Procedure procedure) {
switch (procedure.getFormName()) {
case "OS.Tumorkonferenz":
return new OsTumorkonferenzToProtocolMapper();
case "OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW":
return new OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper();
default:
return p -> Optional.empty();
}
}
ProcedureToProtocolMapper procedureToProtocolMapper(Procedure procedure);
}

27
src/test/java/DNPM/services/mtb/DefaultMtbServiceTest.java
View File

@ -6,13 +6,13 @@ import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
import org.junit.jupiter.api.Test;
import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
import org.junit.jupiter.params.ParameterizedTest;
import org.junit.jupiter.params.provider.MethodSource;
import org.mockito.Mock;
import org.mockito.junit.jupiter.MockitoExtension;
import java.time.Instant;
import java.util.Arrays;
import java.util.Date;
import java.util.List;
import java.util.*;
import static org.assertj.core.api.Assertions.assertThat;
@ -28,7 +28,26 @@ public class DefaultMtbServiceTest {
@Mock IOnkostarApi onkostarApi
) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
this.service = new DefaultMtbService();
this.service = new DefaultMtbService(onkostarApi);
}
private static Set<Map.Entry<String, Class<? extends ProcedureToProtocolMapper>>> expectedMappings() {
return Map.ofEntries(
Map.entry("OS.Tumorkonferenz", OsTumorkonferenzToProtocolMapper.class),
Map.entry("OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW", OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper.class),
Map.entry("MR.MTB_Anmeldung", MrMtbAnmeldungToProtocolMapper.class)
).entrySet();
}
@ParameterizedTest
@MethodSource("expectedMappings")
void testShouldMapFormNameToMapper(Map.Entry<String, Class<?>> expectedMapping) {
var procedure = new Procedure(onkostarApi);
procedure.setFormName(expectedMapping.getKey());
var actual = service.procedureToProtocolMapper(procedure);
assertThat(actual).isExactlyInstanceOf(expectedMapping.getValue());
}
@Test

87
src/test/java/DNPM/services/mtb/MrMtbAnmeldungToProtocolMapperTest.java Normal file
View File

@ -0,0 +1,87 @@
package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
import de.itc.onkostar.api.Item;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
import org.junit.jupiter.api.Test;
import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
import org.mockito.Mock;
import org.mockito.junit.jupiter.MockitoExtension;
import java.util.Set;
import static org.assertj.core.api.Assertions.assertThat;
import static org.mockito.ArgumentMatchers.anyInt;
import static org.mockito.Mockito.doAnswer;
@ExtendWith(MockitoExtension.class)
public class MrMtbAnmeldungToProtocolMapperTest {
private IOnkostarApi onkostarApi;
private MrMtbAnmeldungToProtocolMapper mapper;
@BeforeEach
void setup(
@Mock IOnkostarApi onkostarApi
) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
this.mapper = new MrMtbAnmeldungToProtocolMapper(onkostarApi);
}
@Test
void testShouldMapCompletedForm() {
var anmeldung = new Procedure(onkostarApi);
anmeldung.setId(1);
anmeldung.setFormName("MR.MTB_Anmeldung");
anmeldung.setValue("Fragestellung", new Item("Fragestellung", "Frage?"));
anmeldung.setValue("Empfehlung", new Item("Empfehlung", 2));
var empfehlung = new Procedure(onkostarApi);
empfehlung.setId(2);
empfehlung.setFormName("MR.MTB_Empfehlung");
var einzelempfehlung1 = new Procedure(onkostarApi);
einzelempfehlung1.setId(10);
einzelempfehlung1.setFormName("MR.MTB_Einzelempfehlung");
einzelempfehlung1.setValue("Prioritaet", new Item("Empfehlungsprio", 1));
einzelempfehlung1.setValue("Empfehlung", new Item("Empfehlung", "Empfehlung1"));
var einzelempfehlung2 = new Procedure(onkostarApi);
einzelempfehlung2.setId(20);
einzelempfehlung2.setFormName("MR.MTB_Einzelempfehlung");
einzelempfehlung2.setValue("Prioritaet", new Item("Empfehlungsprio", 2));
einzelempfehlung2.setValue("Empfehlung", new Item("Empfehlung", "Empfehlung2"));
doAnswer(invocationOnMock -> {
var procedureId = invocationOnMock.getArgument(0, Integer.class);
if (2 == procedureId) {
return empfehlung;
} else if (10 == procedureId) {
return einzelempfehlung1;
} else if (20 == procedureId) {
return einzelempfehlung2;
}
return null;
}).when(onkostarApi).getProcedure(anyInt());
doAnswer(invocationOnMock -> {
var procedureId = invocationOnMock.getArgument(0, Integer.class);
if (2 == procedureId) {
return Set.of(einzelempfehlung1, einzelempfehlung2);
}
return null;
}).when(onkostarApi).getSubprocedures(anyInt());
var actual = this.mapper.apply(anmeldung);
assertThat(actual).isPresent();
assertThat(actual.get()).isEqualTo(
"Fragestellung:\nFrage?\n\n" +
"Empfehlung:\nEmpfehlung1\n\n" +
"Empfehlung:\nEmpfehlung2"
);
}
}

47
src/test/java/DNPM/services/mtb/MtbServiceTest.java
View File

@ -1,47 +0,0 @@
package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
import org.junit.jupiter.params.ParameterizedTest;
import org.junit.jupiter.params.provider.MethodSource;
import org.mockito.Mock;
import org.mockito.junit.jupiter.MockitoExtension;
import java.util.Map;
import java.util.Set;
import static org.assertj.core.api.Assertions.assertThat;
@ExtendWith(MockitoExtension.class)
public class MtbServiceTest {
private IOnkostarApi onkostarApi;
@BeforeEach
void setup(
@Mock IOnkostarApi onkostarApi
) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
}
private static Set<Map.Entry<String, Class<? extends ProcedureToProtocolMapper>>> expectedMappings() {
return Map.ofEntries(
Map.entry("OS.Tumorkonferenz", OsTumorkonferenzToProtocolMapper.class),
Map.entry("OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW", OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper.class)
).entrySet();
}
@ParameterizedTest
@MethodSource("expectedMappings")
void testShouldMapFormNameToMapper(Map.Entry<String, Class<?>> expectedMapping) {
var procedure = new Procedure(onkostarApi);
procedure.setFormName(expectedMapping.getKey());
var actual = MtbService.procedureToProtocolMapper(procedure);
assertThat(actual).isExactlyInstanceOf(expectedMapping.getValue());
}
}

46
src/test/java/DNPM/services/mtb/OsTumorkonferenzToProtocolMapperTest.java Normal file
View File

@ -0,0 +1,46 @@
package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
import de.itc.onkostar.api.Item;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
import org.junit.jupiter.api.Test;
import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
import org.mockito.Mock;
import org.mockito.junit.jupiter.MockitoExtension;
import java.time.Instant;
import java.util.Date;
import static org.assertj.core.api.Assertions.assertThat;
@ExtendWith(MockitoExtension.class)
public class OsTumorkonferenzToProtocolMapperTest {
private IOnkostarApi onkostarApi;
private OsTumorkonferenzToProtocolMapper mapper;
@BeforeEach
void setup(
@Mock IOnkostarApi onkostarApi
) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
this.mapper = new OsTumorkonferenzToProtocolMapper();
}
@Test
void testShouldReturnMtbProtocolForDefaultImplementation() {
var procedure = new Procedure(onkostarApi);
procedure.setFormName("OS.Tumorkonferenz");
procedure.setStartDate(Date.from(Instant.parse("2023-01-01T00:00:00Z")));
procedure.setValue("Fragestellung", new Item("Fragestellung", "Test ok?"));
procedure.setValue("Empfehlung", new Item("Empfehlung", "Rerun Test if not ok!"));
var actual = mapper.apply(procedure);
assertThat(actual).isPresent();
assertThat(actual.get()).isEqualTo("Fragestellung:\nTest ok?\n\nEmpfehlung:\nRerun Test if not ok!");
}
}

46
src/test/java/DNPM/services/mtb/OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapperTest.java Normal file
View File

@ -0,0 +1,46 @@
package DNPM.services.mtb;
import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
import de.itc.onkostar.api.Item;
import de.itc.onkostar.api.Procedure;
import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
import org.junit.jupiter.api.Test;
import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
import org.mockito.Mock;
import org.mockito.junit.jupiter.MockitoExtension;
import java.time.Instant;
import java.util.Date;
import static org.assertj.core.api.Assertions.assertThat;
@ExtendWith(MockitoExtension.class)
public class OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapperTest {
private IOnkostarApi onkostarApi;
private OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper mapper;
@BeforeEach
void setup(
@Mock IOnkostarApi onkostarApi
) {
this.onkostarApi = onkostarApi;
this.mapper = new OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper();
}
@Test
void testShouldReturnMtbProtocolForDefaultImplementation() {
var procedure = new Procedure(onkostarApi);
procedure.setFormName("OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW");
procedure.setStartDate(Date.from(Instant.parse("2023-01-01T00:00:00Z")));
procedure.setValue("Fragestellung", new Item("Fragestellung", "Test ok?"));
procedure.setValue("Empfehlung", new Item("Empfehlung", "Rerun Test if not ok!"));
var actual = mapper.apply(procedure);
assertThat(actual).isPresent();
assertThat(actual.get()).isEqualTo("Fragestellung:\nTest ok?\n\nEmpfehlung:\nRerun Test if not ok!");
}
}