pcvolkmer/mv64e-onkostar-data
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feat: add version and display to Histologie

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Paul-Christian Volkmer
2025-07-06 17:40:40 +02:00
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commit f9e5e8c2eb
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README.md
View File

@@ -47,11 +47,11 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString(
| ECOG-Verlauf | ✅ | |
| Tumor-Proben | ⛅ | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1) |
| vorherige Molekular-Diagnostik | ✅ | |
| Histologie-Berichte | ✅ | Hinweis (2) |
| Histologie-Berichte | ✅ | |
| IHC-Berichte | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| MSI-Befunde | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| NGS-Berichte | ⛅ | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (3) |
| MTB-Beschlüsse | ✅ | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (4) |
| NGS-Berichte | ⛅ | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (2) |
| MTB-Beschlüsse | ✅ | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (3) |
| Follow-Up Verlauf | | |
| Antrag Kostenübernahme | | |
| Antwort Kostenübernahme | | |
@@ -61,10 +61,9 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString(
### Hinweise
1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in `OS.Molekulargenetik` vorhanden.
2. Aktuell wird die Version der Morphologie nicht mit exportiert, nur der Wert.
3. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular `OS.Molekulargenetik` wie gefordert angebbar.
2. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular `OS.Molekulargenetik` wie gefordert angebbar.
Hinweis: Tumorzellgehalt-Methode problematisch, wenn auch im NGS-Bericht histologisch festgestellt.
4. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.
3. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.
## Enthaltene Liste mit Genen

15
src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/KpaHistologieDataMapper.java
View File

@@ -102,7 +102,7 @@ public class KpaHistologieDataMapper extends AbstractSubformDataMapper<Histology
.id(resultSet.getId().toString())
.patient(resultSet.getPatientReference())
.specimen(Reference.builder().id(osMolGen.getId().toString()).type("Specimen").build())
.value(Coding.builder().code(resultSet.getString("morphologie")).build())
.value(getTumorMorphologyCoding(resultSet))
.build()
)
.build()
@@ -115,4 +115,17 @@ public class KpaHistologieDataMapper extends AbstractSubformDataMapper<Histology
return null;
}
private Coding getTumorMorphologyCoding(ResultSet resultSet) {
var propertyCatalogueEntry = propertyCatalogue.getByCodeAndVersion(
resultSet.getString("morphologie"),
resultSet.getInteger("morphologie_propcat_version")
);
return Coding.builder()
.code(propertyCatalogueEntry.getCode())
.display(propertyCatalogueEntry.getShortdesc())
.version(propertyCatalogueEntry.getVersionDescription())
.build();
}
}

8
src/test/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest.java
View File

@@ -50,6 +50,7 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue;
EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue;
VorbefundeCatalogue vorbefundeCatalogue;
HistologieCatalogue histologieCatalogue;
MolekulargenetikToSpecimenDataMapper mapper;
@@ -60,7 +61,8 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
@Mock RebiopsieCatalogue rebiopsieCatalogue,
@Mock ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue,
@Mock EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue,
@Mock VorbefundeCatalogue vorbefundeCatalogue
@Mock VorbefundeCatalogue vorbefundeCatalogue,
@Mock HistologieCatalogue histologieCatalogue
) {
this.molekulargenetikCatalogue = molekulargenetikCatalogue;
this.therapieplanCatalogue = therapieplanCatalogue;
@@ -68,6 +70,7 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
this.reevaluationCatalogue = reevaluationCatalogue;
this.einzelempfehlungCatalogue = einzelempfehlungCatalogue;
this.vorbefundeCatalogue = vorbefundeCatalogue;
this.histologieCatalogue = histologieCatalogue;
this.mapper = new MolekulargenetikToSpecimenDataMapper(
molekulargenetikCatalogue,
@@ -75,7 +78,8 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
rebiopsieCatalogue,
reevaluationCatalogue,
einzelempfehlungCatalogue,
vorbefundeCatalogue
vorbefundeCatalogue,
histologieCatalogue
);
}