feat: add version and display to Histologie

README.md

@@ -47,11 +47,11 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString(
 | ECOG-Verlauf                     | ✅      |                                                                                |
 | Tumor-Proben                     | ⛅      | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1) |
 | vorherige Molekular-Diagnostik   | ✅      |                                                                                |
-| Histologie-Berichte              | ✅      | Hinweis (2)                                                                    |
+| Histologie-Berichte              | ✅      |                                                                                |
 | IHC-Berichte                     | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                              |
 | MSI-Befunde                      | ⌛      | Aktuell in Arbeit                                                              |
-| NGS-Berichte                     | ⛅      | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (3) |
+| NGS-Berichte                     | ⛅      | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (2) |
-| MTB-Beschlüsse                   | ✅      | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (4)          |
+| MTB-Beschlüsse                   | ✅      | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (3)          |
 | Follow-Up Verlauf                |        |                                                                                |
 | Antrag Kostenübernahme           |        |                                                                                |
 | Antwort Kostenübernahme          |        |                                                                                |
@@ -61,10 +61,9 @@ var jsonResult = Converter.toJsonString(
 ### Hinweise
 
 1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in `OS.Molekulargenetik` vorhanden.
-2. Aktuell wird die Version der Morphologie nicht mit exportiert, nur der Wert.
+2. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular `OS.Molekulargenetik` wie gefordert angebbar.
-3. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular `OS.Molekulargenetik` wie gefordert angebbar.
    Hinweis: Tumorzellgehalt-Methode problematisch, wenn auch im NGS-Bericht histologisch festgestellt.
-4. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.
+3. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.
 
 ## Enthaltene Liste mit Genen
 

src/main/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/KpaHistologieDataMapper.java

@@ -102,7 +102,7 @@ public class KpaHistologieDataMapper extends AbstractSubformDataMapper<Histology
                                                     .id(resultSet.getId().toString())
                                                     .patient(resultSet.getPatientReference())
                                                     .specimen(Reference.builder().id(osMolGen.getId().toString()).type("Specimen").build())
-                                                    .value(Coding.builder().code(resultSet.getString("morphologie")).build())
+                                                    .value(getTumorMorphologyCoding(resultSet))
                                                     .build()
                                     )
                                     .build()
@@ -115,4 +115,17 @@ public class KpaHistologieDataMapper extends AbstractSubformDataMapper<Histology
         return null;
     }
 
+    private Coding getTumorMorphologyCoding(ResultSet resultSet) {
+        var propertyCatalogueEntry =  propertyCatalogue.getByCodeAndVersion(
+                resultSet.getString("morphologie"),
+                resultSet.getInteger("morphologie_propcat_version")
+        );
+
+        return Coding.builder()
+                .code(propertyCatalogueEntry.getCode())
+                .display(propertyCatalogueEntry.getShortdesc())
+                .version(propertyCatalogueEntry.getVersionDescription())
+                .build();
+    }
+
 }

src/test/java/dev/pcvolkmer/onco/datamapper/mapper/MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest.java

@@ -50,6 +50,7 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
     ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue;
     EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue;
     VorbefundeCatalogue vorbefundeCatalogue;
+    HistologieCatalogue histologieCatalogue;
 
     MolekulargenetikToSpecimenDataMapper mapper;
 
@@ -60,7 +61,8 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
             @Mock RebiopsieCatalogue rebiopsieCatalogue,
             @Mock ReevaluationCatalogue reevaluationCatalogue,
             @Mock EinzelempfehlungCatalogue einzelempfehlungCatalogue,
-            @Mock VorbefundeCatalogue vorbefundeCatalogue
+            @Mock VorbefundeCatalogue vorbefundeCatalogue,
+            @Mock HistologieCatalogue histologieCatalogue
     ) {
         this.molekulargenetikCatalogue = molekulargenetikCatalogue;
         this.therapieplanCatalogue = therapieplanCatalogue;
@@ -68,6 +70,7 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
         this.reevaluationCatalogue = reevaluationCatalogue;
         this.einzelempfehlungCatalogue = einzelempfehlungCatalogue;
         this.vorbefundeCatalogue = vorbefundeCatalogue;
+        this.histologieCatalogue = histologieCatalogue;
 
         this.mapper = new MolekulargenetikToSpecimenDataMapper(
                 molekulargenetikCatalogue,
@@ -75,7 +78,8 @@ class MolekulargenetikToSpecimenDataMapperTest {
                 rebiopsieCatalogue,
                 reevaluationCatalogue,
                 einzelempfehlungCatalogue,
-                vorbefundeCatalogue
+                vorbefundeCatalogue,
+                histologieCatalogue
         );
     }