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mv64e-onkostar-data/README.md

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Markdown

# Datenextraktion aus den Onkostar DNPM-Formularen
Ziel dieser Library ist die Bereitstellung von Methoden zum Laden von Daten der DNPM-Formulare aus der
Onkostar-Datenbank
und dem Mapping in das DNPM-Datenmodell 2.1.
## Beispiel
Beispiel zur Konfiguration der Datenbankanbindung, Abruf über eine Fallnummer im Formular DNPM Klinik/Anamnese und
Serialisierung als JSON-String.
```
var datasource = new MariaDbDataSource();
datasource.setUrl("jdbc:mariadb://localhost:3306/onkostar");
datasource.setUser("onkostar");
datasource.setPassword("devpass");
var mtbMapper = MtbDataMapper.create(datasource);
var jsonResult = Converter.toJsonString(
mtbMapper.getByCaseId("16000123")
);
```
Es ist auch möglich, die Daten anhand der Patienten-ID und dem Tumoridentifikator zu ermitteln.
Hierbei wird das letzte Formular `DNPM Klinik/Anamnese` andhand des Anmeldedatums MTB
ausgewählt und verwendet.
```
...
var jsonResult = Converter.toJsonString(
mtbMapper.getLatestByPatientIdAndTumorId("2000123456", 1))
);
```
## Status
| DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich | Status | Anmerkung |
|----------------------------------|--------|----------------------------------------------------------------|
| Patient | ✅ | Verwendet Datenbank-ID, keine managing Site |
| Episoden | ✅ | |
| Diagnosen | ✅ | Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode |
| Verwandten-Diagnosen | ✅ | |
| Systemische Leitlinien-Therapien | ✅ | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9 |
| Leitlinien-Prozeduren | ✅ | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9 |
| ECOG-Verlauf | ✅ | |
| Tumor-Proben | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| vorherige Molekular-Diagnostik | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| Histologie-Berichte | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| IHC-Berichte | | |
| MSI-Befunde | | |
| NGS-Berichte | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| MTB-Beschlüsse | ⌛ | Aktuell in Arbeit |
| Follow-Up Verlauf | | |
| Antrag Kostenübernahme | | |
| Antwort Kostenübernahme | | |
| Therapien | | |
| Response Befunde | | |