Datenextraktion aus den Onkostar DNPM-Formularen

Ziel dieser Library ist die Bereitstellung von Methoden zum Laden von Daten der DNPM-Formulare aus der Onkostar-Datenbank und dem Mapping in das DNPM-Datenmodell 2.1.

Beispiel

Beispiel zur Konfiguration der Datenbankanbindung, Abruf über eine Fallnummer im Formular DNPM Klinik/Anamnese und Serialisierung als JSON-String.

var datasource = new MariaDbDataSource();
datasource.setUrl("jdbc:mariadb://localhost:3306/onkostar");
datasource.setUser("onkostar");
datasource.setPassword("devpass");

var mtbMapper = MtbDataMapper.create(datasource);

var jsonResult = Converter.toJsonString(
  mtbMapper.getByCaseId("16000123")
);

Es ist auch möglich, die Daten anhand der Patienten-ID und dem Tumoridentifikator zu ermitteln. Hierbei wird das letzte Formular DNPM Klinik/Anamnese anhand des Anmeldedatums MTB ausgewählt und verwendet.

...

var jsonResult = Converter.toJsonString(
  mtbMapper.getLatestByPatientIdAndTumorId("2000123456", 1))
);

Status

DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich	Status	Anmerkung
Patient	✅	Verwendet Patienten-ID, nicht Datenbank-ID. Keine Managing Site
Episoden	✅
Diagnosen	✅	Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode
Verwandten-Diagnosen	✅
Systemische Leitlinien-Therapien	✅	Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9
Leitlinien-Prozeduren	✅	Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9
ECOG-Verlauf	✅
Tumor-Proben	⛅	Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1)
vorherige Molekular-Diagnostik	✅
Histologie-Berichte	✅	Hinweis (2)
IHC-Berichte	⌛	Aktuell in Arbeit
MSI-Befunde	⌛	Aktuell in Arbeit
NGS-Berichte	⛅	Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (3)
MTB-Beschlüsse	✅	Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (4)
Follow-Up Verlauf
Antrag Kostenübernahme
Antwort Kostenübernahme
Therapien
Response Befunde

Hinweise

1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in OS.Molekulargenetik vorhanden.
2. Aktuell wird die Version der Morphologie nicht mit exportiert, nur der Wert.
3. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular OS.Molekulargenetik wie gefordert angebbar. Hinweis: Tumorzellgehalt-Methode problematisch, wenn auch im NGS-Bericht histologisch festgestellt.
4. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.

Enthaltene Liste mit Genen

Es ist eine Liste mit über 43000 Genen von https://genenames.org enthalten.

Diese Liste der Gene unterliegt der folgenden Lizenz und ist frei verfügbar: Creative Commons Public Domain (CC0) License.