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https://github.com/pcvolkmer/mv64e-onkostar-data.git
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# Datenextraktion aus den Onkostar DNPM-Formularen
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Ziel dieser Library ist die Bereitstellung von Methoden zum Laden von Daten der DNPM-Formulare aus der
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Onkostar-Datenbank
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und dem Mapping in das DNPM-Datenmodell 2.1.
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## Beispiel
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Beispiel zur Konfiguration der Datenbankanbindung, Abruf über eine Fallnummer im Formular DNPM Klinik/Anamnese und
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Serialisierung als JSON-String.
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```
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var datasource = new MariaDbDataSource();
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datasource.setUrl("jdbc:mariadb://localhost:3306/onkostar");
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datasource.setUser("onkostar");
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datasource.setPassword("devpass");
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var mtbMapper = MtbDataMapper.create(datasource);
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var jsonResult = Converter.toJsonString(
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mtbMapper.getByCaseId("16000123")
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);
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```
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Es ist auch möglich, die Daten anhand der Patienten-ID und dem Tumoridentifikator zu ermitteln.
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Hierbei wird das letzte Formular `DNPM Klinik/Anamnese` anhand des Anmeldedatums MTB
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ausgewählt und verwendet.
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```
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...
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var jsonResult = Converter.toJsonString(
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mtbMapper.getLatestByPatientIdAndTumorId("2000123456", 1))
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);
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```
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## Status
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Das Projekt befindet sich aktuell in einem sehr frühen Entwicklungsstand und kann daher auch bei Status ✅ Probleme
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aufweisen.
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Um Mithilfe wird gebeten.
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| DNPM-Datenmodell 2.1 - Bereich | Status | Anmerkung |
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|----------------------------------|--------|---------------------------------------------------------------------------------------|
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| Patient | ✅ | Verwendet Patienten-ID, nicht Datenbank-ID. Keine Managing Site |
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| Episoden | ✅ | |
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| Diagnosen | ✅ | Entsprechend Formularaufbau nur Diagnose der aktuellen Episode |
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| Verwandten-Diagnosen | ✅ | |
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| Systemische Leitlinien-Therapien | ✅ | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9 |
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| Leitlinien-Prozeduren | ✅ | Siehe auch: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/9 |
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| ECOG-Verlauf | ✅ | |
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| Tumor-Proben | ⛅ | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (1) |
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| vorherige Molekular-Diagnostik | ✅ | |
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| Histologie-Berichte | ✅ | |
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| IHC-Berichte | - | Aktuell nicht vorgesehen |
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| MSI-Befunde | - | Aktuell nicht in im DNPM-Datenmodell: https://github.com/dnpm-dip/mtb-model/issues/10 |
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| NGS-Berichte | ⛅ | Best effort: Formular OS.Molekulargenetik erfüllt nicht alle Anforderungen (2) |
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| MTB-Beschlüsse | ✅ | Stützende molekulare Alteration(en) für einfache Variante und CNV (3) |
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| Follow-Up Verlauf | - | Späterer Zeitpunkt |
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| Antrag Kostenübernahme | - | Späterer Zeitpunkt |
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| Antwort Kostenübernahme | - | Späterer Zeitpunkt |
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| Therapien | - | Späterer Zeitpunkt |
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| Response Befunde | - | Späterer Zeitpunkt |
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### Hinweise
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1. Nicht alle möglichen Ausprägungen in `OS.Molekulargenetik` vorhanden.
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2. Aktuell nicht alle Angaben effektiv im Formular `OS.Molekulargenetik` wie gefordert angebbar.
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Hinweis: Tumorzellgehalt-Methode problematisch, wenn auch im NGS-Bericht histologisch festgestellt.
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3. Implementierung des Mappings von HGNC-Symbol (Gen-Name) zu HGNC-ID über enthaltene Gen-Liste.
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## Enthaltene Liste mit Genen
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Es ist eine Liste mit über 43000 Genen
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von [https://genenames.org](https://www.genenames.org/cgi-bin/download/custom?col=gd_hgnc_id&col=gd_app_sym&col=gd_app_name&col=gd_pub_chrom_map&col=md_ensembl_id&status=Approved&hgnc_dbtag=on&order_by=gd_app_sym_sort&format=text&submit=submit)
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enthalten.
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Diese Liste der Gene unterliegt der folgenden Lizenz und ist frei
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verfügbar: [Creative Commons Public Domain (CC0) License](https://creativecommons.org/public-domain/cc0/).
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